CN104278003A - 生产d-乳酸的重组大肠杆菌及其应用 - Google Patents

生产d-乳酸的重组大肠杆菌及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN104278003A
CN104278003A CN201310293659.6A CN201310293659A CN104278003A CN 104278003 A CN104278003 A CN 104278003A CN 201310293659 A CN201310293659 A CN 201310293659A CN 104278003 A CN104278003 A CN 104278003A
Authority
CN
China
Prior art keywords
intestinal bacteria
gene
sudden change
alpha
dlac
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN201310293659.6A
Other languages
English (en)
Other versions
CN104278003B (zh
Inventor
马延和
张学礼
徐洪涛
朱欣娜
刘萍萍
唐金磊
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Tianjin Institute of Industrial Biotechnology of CAS
Original Assignee
Tianjin Institute of Industrial Biotechnology of CAS
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Tianjin Institute of Industrial Biotechnology of CAS filed Critical Tianjin Institute of Industrial Biotechnology of CAS
Priority to CN201310293659.6A priority Critical patent/CN104278003B/zh
Priority to US14/904,179 priority patent/US9944957B2/en
Priority to PCT/CN2014/081878 priority patent/WO2015003629A1/zh
Priority to EP14822447.0A priority patent/EP3020802B1/en
Publication of CN104278003A publication Critical patent/CN104278003A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN104278003B publication Critical patent/CN104278003B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12PFERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P7/00Preparation of oxygen-containing organic compounds
    • C12P7/40Preparation of oxygen-containing organic compounds containing a carboxyl group including Peroxycarboxylic acids
    • C12P7/56Lactic acid
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/0004Oxidoreductases (1.)
    • C12N9/0006Oxidoreductases (1.) acting on CH-OH groups as donors (1.1)
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N1/00Microorganisms, e.g. protozoa; Compositions thereof; Processes of propagating, maintaining or preserving microorganisms or compositions thereof; Processes of preparing or isolating a composition containing a microorganism; Culture media therefor
    • C12N1/20Bacteria; Culture media therefor
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/52Genes encoding for enzymes or proenzymes
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/70Vectors or expression systems specially adapted for E. coli
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12YENZYMES
    • C12Y101/00Oxidoreductases acting on the CH-OH group of donors (1.1)
    • C12Y101/01Oxidoreductases acting on the CH-OH group of donors (1.1) with NAD+ or NADP+ as acceptor (1.1.1)
    • C12Y101/01028D-Lactate dehydrogenase (1.1.1.28)

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)

Abstract

本发明涉及通过大肠杆菌发酵生产D-乳酸的领域。具体而言,本发明提供了一种含有突变的ldhA基因的大肠杆菌。本发明还涉及使用所述经工程化的重组大肠杆菌用于生产D-乳酸的用途,及使用所述经工程化的重组大肠杆菌生产D-乳酸的方法。在本发明生产D-乳酸的方法中,可以在高温下(42-50℃)进行发酵。在本发明生产D-乳酸的方法中,可以在发酵过程中使用氨水或者氢氧化钠作为中和剂。

Description

生产D-乳酸的重组大肠杆菌及其应用
发明领域
本发明涉及通过大肠杆菌发酵生产D-乳酸的领域。具体而言,本发明提供了一种用于生产D-乳酸的经工程化的重组大肠杆菌。本发明还涉及使用所述经工程化的重组大肠杆菌用于生产D-乳酸的用途,及使用所述经工程化的重组大肠杆菌生产D-乳酸的方法。 
发明背景 
D-乳酸为手性小分子,是合成多种手性物质的前体,在医药、农药、化工等方面的应用十分广泛。以D-乳酸为原料合成的D-聚乳酸,具有生物可降解性,是理想的绿色高分子材料:可代替由聚乙烯、聚丙烯和聚苯乙烯等材料生产新型环保包装材料;可代替硅橡胶、硅油等传统的医用材料制作骨内固定物和医用手术缝合线等医用材料;用于纺织行业,制成手感好、滑爽性强并富有光泽的内衣;以D-乳酸为原料合成乳酸酯类用于香料、树脂涂料、胶黏剂及印刷油墨等的生产;用于制造优良除草剂:骠马(Puma Super)、威霸(Whip Super;德国Hoechst公司)、DuplosanR(德国BASF公司)。 
D-乳酸的制备方法主要有手性拆分法、酶转化法和直接发酵法。由于手性拆分法和酶转化法存在污染环境,成本昂贵等问题,目前D-乳酸的大规模化生产大多采用微生物发酵法。微生物发酵法生产D-乳酸,以其生产成本低,产品安全性高,成为大规模生产D-乳酸的主要方法。生产高光学纯度的D-乳酸是微生物发酵法的主要制约因素。 
目前乳酸发酵菌株主要有两大类。第一类是天然产乳酸菌,主要是乳酸芽孢杆菌(Lactobacillus),由于具有耐酸性强,遗传改造后能生产高光学纯度的D-乳酸,因此是重要的商业化菌株(Demirici et al.1992,J Indust Microbiol Biotechnol11:23-28;Okano K et al 2009,Appl Environ Microbiol 75:462-467)。该生产菌的缺点是发酵过程需要丰富培养基,不能利用五碳糖,提高了生产成本和下游分离纯化的成本。该类菌通常使用氢氧化钙或碳酸钙作为中和剂来控制发酵pH,最终的发酵产物是乳酸钙。然而,乳酸钙在分离提取的过程中通常需要加入硫酸,会产生大量的硫酸钙废物,难以处理。更重要的是,该类菌生产的D-乳酸手性纯度通常都在98%以下,达不到聚乳酸生产的要求。 
另一类是通过代谢工程改造的工程菌,有酵母菌(Saccharomyces),芽孢杆 菌(Bacillus),克氏菌(Kluyveromyces)和大肠杆菌(Escherichia)。这些改造的菌株都在某些方面提高了乳酸生产的性能如扩大了底物利用的范围,减少了营养需求,或减少了质粒或抗生素的使用等(Bianchi et al.2001,Appl Environ Microbiol67:5621-5625;Grabar et al.2006,Biotechnol Lett 28:1527-153;Stewart et al.2013,Yeast 30:81-91)。在微生物发酵生产中,大肠杆菌(E.coli)由于其遗传背景清楚、易操作、易调控、易培养、生长迅速、能够利用多种碳源及能以简单的无机盐培养基培养等优点,被广泛用于研究以获得高产菌株。大肠杆菌在缺氧条件下,通常消耗糖或其衍生物,并发酵产生甲酸、乙酸、乳酸、丁二酸、乙醇等产物。野生型大肠杆菌生产乳酸等的产率通常较低。近年来的研究表明,对大肠杆菌的代谢途径进行遗传改造,可以获得乳酸高产菌株。同时改造大肠杆菌细胞使其能够生产高光学纯度的D-乳酸是目前研究的重点和热点。 
Zhou等(Zhou et al.2003,Applied Environ Microbiol 69:399-407)通过在大肠杆菌W3110中敲除丙酮酸甲酸裂解酶基因pflB,富马酸还原酶基因frdABCD,醇脱氢酶基因adhE和乙酸激酶基因ackA,得到了重组大肠杆菌菌株SZ63能够在无机盐培养基中利用5%的葡萄糖在168小时合成了48g/L的D-乳酸,糖酸转化率接近2mol/mol,手性纯度达到99%。Zhou等使用相同的策略,在大肠杆菌B菌株中构建了重组菌SZ186,并通过进化代谢获得了SZ194菌株。在无机盐培养基中利用12%的葡萄糖在72小时合成了111g/L的D-乳酸,糖酸转化率接近2mol/mol,手性纯度达到95%(Zhou et al.2005,Biotechnol lett 27:1891-1896;Zhou et al.2006,Biotechnol Lett 28:663-670)。 
Grabar等(Grabar et al.2006,Biotechnol Lett 28:1527-1535)继续对SZ194菌株进行了改造,敲除了甲基乙二醛合成酶基因mgsA得到了重组菌TG112,进一步进化代谢获得TG114,在无机盐培养基中利用12%的葡萄糖在48小时合成了118g/L的D-乳酸,光学纯度达到99.9%,葡萄糖转化率为0.98g/g。 
上述这些工程化的大肠杆菌都是使用氢氧化钾作为中和剂。氢氧化钾在工业生产时的成本较高,而氨水和氢氧化钠的成本要便宜很多。因此,需要发酵过程中需要使用氨水或氢氧化钠作为中和剂来调节pH值的大肠杆菌。 
为了提高大肠杆菌生产D-乳酸的产量和/或转化率,需要进一步对大肠杆菌的代谢途径进行改造。另外,为了在工业上减少细菌污染的可能,需要进一步对大肠杆菌的生理性能进行优化,提高大肠杆菌生产D-乳酸的发酵温度。 
发明概述 
一方面,本发明提供了一种用于生产D-乳酸的重组大肠杆菌。 
在一个实施方案中,本发明提供了一种重组大肠杆菌,其中所述大肠杆菌含 有突变的ldhA基因,其所编码的多肽在对应于SEQ ID No.:1所示氨基酸序列中的R282的位置上含有修饰,对应的位置是通过与SEQ ID No.:1进行序列比对而确定的。在一个优选的实施方案中,所述大肠杆菌中所述突变的ldhA基因的表达增强、和/或所述突变的ldhA所编码的蛋白质的活性增强。在一个实施方案中,本发明的大肠杆菌还含有如下的修饰:pflB基因表达的抑制、和/或pflB基因所编码的蛋白质活性的抑制;frdABCD基因簇表达的抑制、和/或frdABCD基因簇所编码的蛋白质活性的抑制。 
在一个实施方案中,本发明提供了一种重组大肠杆菌,其中所述大肠杆菌含有突变的ldhA基因,其所编码的多肽在对应于SEQ ID No.:1所示氨基酸序列中的R282的位置上含有修饰,其中在对应于R282的位置上的修饰是用C置换R,对应的位置是通过与SEQ ID No.:1进行序列比对而确定的。 
在一个实施方案中,本发明提供了一种重组大肠杆菌,其中所述大肠杆菌含有突变的ldhA基因,其中所述突变的ldhA基因在对应于SEQ ID No.:2所示核苷酸序列中的C844的位置上含有突变,对应的位置是通过与SEQ ID No.:2进行序列比对而确定的。在一个优选的实施方案中,所述大肠杆菌中所述突变的ldhA基因的表达增强、和/或所述突变的ldhA基因所编码的蛋白质的活性增强。 
在一个实施方案中,本发明提供了一种重组大肠杆菌,其中所述大肠杆菌含有突变的ldhA基因,其中所述突变的ldhA基因在对应于SEQ ID No.:2所示核苷酸序列中的C844的位置上含有突变,并且其中所述突变是用T置换C,对应的位置是通过与SEQ ID No.:2进行序列比对而确定的。 
在另一个实施方案中,本发明的大肠杆菌还含有如下的修饰:mgsA基因表达的抑制、和/或mgsA基因所编码的蛋白质活性的抑制。 
在一个实施方案中,本发明提供了一种重组大肠杆菌,其中所述大肠杆菌含有突变的ldhA基因,其中所述突变的ldhA基因位于质粒或染色体中。 
在第二方面,本发明提供了一种生产D-乳酸的方法,其中包括培养本发明的大肠杆菌的步骤。 
在第三方面,本发明涉及本发明的大肠杆菌在生产D-乳酸中的用途。 
附图简述 
图1:改造大肠杆菌获得重组菌株Dlac-006的示意图。X代表基因敲除,包括敲除pflB、frd、mgsA基因。 
图2:菌株Dlac-002,Dlac-004,Dlac-006发酵生产D-乳酸的光学纯度。图2A为D-乳酸标准品,图2B为L-乳酸标准品,图2C为乳酸混合物(D-乳酸光学纯度为99.5%),图2D为Dlac-002,图2E为Dlac-004,图2F为Dlac-006。 
图3:Dlac-006经过520代进化获得菌株Dlac-012。 
图4:Dlac-012在500mL发酵罐水平发酵生产D-乳酸的光学纯度。 
图5:Dlac-012在5L发酵罐水平发酵生产D-乳酸。图5A为细胞生长、葡萄糖消耗和D-乳酸生产情况。图5B为发酵所产D-乳酸的光学纯度。 
图6:图6A示出了野生型ldhA基因以及突变的ldhA基因(ldhA*)的核苷酸序列比对;图6B示出了野生型以及突变的ldhA基因(ldhA*)所编码的多肽的氨基酸序列比对。 
图7:Dlac-014在500mL发酵罐水平发酵生产D-乳酸的光学纯度。 
图8:Dlac-012经过360代进化获得菌株Dlac-206。 
图9:Dlac-206在500ml发酵罐水平发酵生产D-乳酸。发酵温度为42度。图9A为细胞生长、葡萄糖消耗和D-乳酸生产情况。图9B为发酵所产D-乳酸的光学纯度。 
发明详述 
除非另有说明,所有技术和科学术语都具有本领域所知的常见含义。所有专利、专利申请、公开出版物、序列、以及其他公开材料均援引加入本文,除非另有说明。 
一方面,本发明提供了一种重组大肠杆菌,其中含有突变的ldhA基因。 
如本文所用,术语“经工程化改造的重组大肠杆菌”、“工程化的大肠杆菌”和“重组大肠杆菌”可互换使用,均是指经过修饰的大肠杆菌,其中所述的修饰可以是,例如,基因表达的增强、基因表达的抑制、引入新的基因、引入突变的基因或者对基因进行突变等,其中可以通过本领域常规的技术手段实现基因表达的增强或基因表达的抑制,例如基因的敲除、改变基因的拷贝数、引入质粒、改变基因的启动子(例如使用强启动子或弱启动子)等。 
在一个实施方案中,本发明提供了一种重组大肠杆菌,其中所述大肠杆菌含有突变的ldhA基因,其所编码的多肽在对应于SEQ ID No.:1所示氨基酸序列中的R282的位置上含有修饰,对应的位置是通过与SEQ ID No.:1进行序列比对而确定的。在一个优选的实施方案中,所述大肠杆菌中所述突变的ldhA基因的表达增强、和/或所述突变的ldhA所编码的蛋白质的活性增强。 
如本文所用,术语“突变”具有本领域内常用的含义,是指在核苷酸序列中插入、添加、缺失、或者取代一或多个核苷酸,或者是指在多肽序列中插入、添加、缺失、或者取代一或多个氨基酸。 
在一个实施方案中,本发明提供了一种重组大肠杆菌,其中所述大肠杆菌含有突变的ldhA基因,其所编码的多肽在对应于SEQ ID No.:1所示氨基酸序列中 的R282的位置上含有修饰,其中在对应于R282的位置上的修饰是用C置换R,对应的位置是通过与SEQ ID No.:1进行序列比对而确定的。 
在一个实施方案中,本发明提供了一种重组大肠杆菌,其中所述大肠杆菌含有突变的ldhA基因,其中所述突变的ldhA基因在对应于SEQ ID No.:2所示核苷酸序列中的C844的位置上含有突变,对应的位置是通过与SEQ ID No.:2进行序列比对而确定的。在一个优选的实施方案中,所述大肠杆菌中所述突变的ldhA基因的表达增强、和/或所述突变的ldhA基因所编码的蛋白质的活性增强。 
ldhA基因(GenBank No:ACA77176.1)编码D-乳酸脱氢酶(D-lactate dehydrogenase)(EC No:1.1.1.28)的基因。在本发明的一个实施方案中,所使用的初始大肠杆菌菌株中的野生型ldhA基因的核苷酸序列如SEQ ID No.:2所示,其所编码的多肽的氨基酸序列如SEQ ID No.:1所示。在一个实施方案中,本发明的大肠杆菌中所包含的突变的ldhA基因含有对应于如下突变:C844T(参见图6A),所述突变的基因含有SEQ ID No.:4所示的序列;而所述突变的ldhA基因所编码的多肽具有对应于如下突变的氨基酸置换:R282C(参见图6B),所述突变的多肽含有SEQ ID No.:3所示的序列。 
本领域技术人员会意识到不同大肠杆菌菌株的ldhA基因序列可能与SEQ ID No.:2所示ldhA基因序列不完全等同,以及不同大肠杆菌菌株的ldhA基因所编码的多肽序列可能与SEQ ID No.:1所示的多肽序列不完全等同。在本发明的某些实施方案中,所述突变的ldhA基因中的突变位于对应于SEQ ID No.:2的第844位的位置上。在本发明的某些实施方案中,所述突变的ldhA基因所编码的多肽中的置换位于对应于SEQ ID No.:1的第282位的位置上。 
在本发明中,“对应于”SEQ ID No.:1或SEQ ID No.:2中某一特定位置的位置可以通过序列比对而确定,包括如使用人工排列对比及通过使用众多可利用的排列对比程序(例如BLASTP)以及本领域技术人员已知的其它方法。通过对比多肽或核苷酸序列,本领域技术人员可以在适当的位置引入相应的突变,从而实现本发明的技术效果。另外,本领域技术人员也可以使用保守和类似的氨基酸残基来置换相应位置上的氨基酸残基,或者在ldhA基因序列中引入同义突变,而实现本发明的技术效果。 
在一个优选的实施方案中,所述大肠杆菌中所述突变的ldhA基因的表达增强、和/或所述突变的ldhA基因所编码的蛋白质的活性增强。 
如本文所用,术语“基因表达增强”,其具有本领域内熟知的含义,是指基因表达强度的增强,并导致基因转录后产生的mRNA数量的增加。基因表达增强可以通过如下方式实现,例如但不限于:在基因前引入强启动子、增加基因的拷贝数、或者增强mRNA的稳定性等。如本文所用,术语“基因所编码的蛋白活性 增强”具有本领域内熟知的含义,是指基因转录翻译后产生的蛋白活性的增加。其可以例如通过基因表达强度的增强、增加酶在细胞中的含量、氨基酸位点的突变来实现。实现“基因的表达增强”以及“基因所编码的蛋白质的活性增强”的各种技术手段是本领域技术人员熟知的。 
在一个实施方案中,本发明的大肠杆菌中含有突变的ldhA基因,并且所述突变的ldhA基因位于质粒中。 
如本文所用,术语“质粒”具有本领域熟知的定义,其是以附加体形式存在于细胞中的非染色体DNA并且能够自主复制的DNA分子。本发明中可以使用的质粒例如有:pEASY-Blunt、pEASY-Blunt Simple和pKD46等。 
在一个实施方案中,本发明的大肠杆菌中含有突变的ldhA基因,并且所述突变的ldhA基因位于染色体中。 
如本文所用,术语“染色体”具有本领域熟知的定义。在一些实施方案中,本发明所涉及的经修饰的基因位于染色体中。将经修饰的基因整合至染色体的技术是本领域技术人员熟知的,例如可以参见Michael R.Green和Joseph Sambrook的"Molecular Cloning:A Laboratory Manual"(Fourth Edition)。 
在一个实施方案中,本发明的大肠杆菌还含选自如下一或多种修饰:pflB基因表达的抑制、和/或pflB基因所编码的蛋白质活性的抑制;frdABCD基因簇表达的抑制、和/或frdABCD基因簇所编码的蛋白质活性的抑制。 
在另一个实施方案中,本发明的大肠杆菌还含选自如下的修饰:mgsA基因表达的抑制、和/或mgsA基因所编码的蛋白质活性的抑制。 
在本发明中,pflB基因(GenBank No:ACA78322.1)编码丙酮酸甲酸裂解酶(EC No:2.3.1.54)。frdABCD基因簇编码富马酸还原酶(EC No:1.3.5.4),包括frdA基因(GenBank No:ACA79460.1)编码富马酸还原酶黄素蛋白亚基、frdB基因(GenBank No:ACA79461.1)编码富马酸还原酶黄素蛋白亚基、frdC基因(GenBank No:ACA79462.1)编码富马酸还原酶C亚基、和frdD基因(GenBank No:ACA79463.1)编码富马酸还原酶D亚基。mgsA基因(GenBank No:ACA78263.1)编码甲基乙二醛合成酶(EC No:4.2.3.3)。 
如本文所用,术语“基因表达的抑制”具有本领域内熟知的含义,是指基因表达强度的降低,从而导致基因转录后产生的mRNA数量的减少。基因表达的抑制可以通过如下方式实现,例如但不限于:基因的敲除、减少基因的拷贝数、改变基因的启动子(例如使用弱启动子)等。如本文所用,术语“基因所编码的蛋白质的活性抑制”具有本领域内熟知的含义,是指基因转录翻译后产生的蛋白活性的降低。其可以例如通过基因表达强度的降低、基因中核苷酸的插入或缺失、氨基酸位点的突变来实现。实现“基因表达的抑制”以及“基因所编码的蛋白质的活 性抑制”的各种技术手段是本领域技术人员熟知的。 
在一个实施方案中,本发明的大肠杆菌是以保藏号CGMCC7678保藏于CGMCC的菌株。 
在一个实施方案中,本发明的大肠杆菌是以保藏号CGMCC7679保藏于CGMCC的菌株。 
在一个实施方案中,本发明的大肠杆菌是以保藏号CGMCC7871保藏于CGMCC的菌株。 
在一些实施方案中,本发明提供的大肠杆菌是用于生产D-乳酸的大肠杆菌。 
用于生产D-乳酸的大肠杆菌是指具有生产D-乳酸所必需的常规遗传背景的大肠杆菌,用于生产D-乳酸所必需的遗传背景是本领域技术人员所熟知的。 
在第二方面,本发明提供了一种生产乳酸的方法,其中包括培养本发明的大肠杆菌的步骤。 
在一个实施方案中,本发明生产乳酸的方法包括培养本发明的大肠杆菌,以及任选的收集或者纯化乳酸。 
在一个实施方案中,本发明所述的“培养”包括种子培养和发酵培养。 
如本文所用,术语“种子培养”是指将用于发酵的菌种在固体培养基上活化后,再经过摇瓶及种子罐逐级扩大培养而获得一定数量和质量的纯种的过程。 
如本文所用,术语“发酵培养”是指利用微生物菌种,在适宜的条件下,将培养基组分经过特定的代谢途径转化为某些特定产物的过程。在一个实施方案中,本发明的生产乳酸的方法包括在高温下(42-50℃)进行发酵培养的步骤,例如42-43℃、43-44℃、44-45℃、45-46℃、46-47℃、47-48℃、48-49℃、或49-50℃。 
在一个实施方案中,本发明的方法中包括将本发明的大肠杆菌厌氧发酵。 
如本文所用,术语“厌氧发酵”是指利用厌氧发酵菌株,在隔绝空气的条件下,经特定代谢途径将培养基组分转化为某些特定产物的过程。 
在一个实施方案中,本发明的方法中的培养过程不进行任何通气步骤。 
在一个实施方案中,本发明中对大肠杆菌进行培养的方法包括以下步骤: 
(1)将本发明的重组大肠杆菌接种于种子培养基,在适宜大肠杆菌生长的条件下培养一段时间得到种子液; 
(2)将种子液接种于发酵培养基,在厌氧条件下发酵。 
在一个实施方案中,本发明生产乳酸的方法包括在发酵培养过程中调节pH值的步骤。在一个实施方案中,本发明生产乳酸的方法包括在发酵培养过程中调节pH的步骤,其中将pH值调节至:6.0-8.0,例如6.0-6.5、6.5-7.0、7.0-7.5和7.5-8.0。在一个实施方案中,本发明生产乳酸的方法包括在发酵培养过程中使用 氨水或氢氧化钠作为中和剂来调节pH值的步骤。 
在一个实施方案中,本发明中对大肠杆菌进行培养的方法包括以下步骤: 
(1)将本发明的重组大肠杆菌接种于种子培养基,在适宜大肠杆菌生长的条件下培养一段时间得到种子液; 
(2)将种子液接种于发酵培养基,在厌氧条件下培养,并在发酵过程中使用氨水或氢氧化钠作为中和剂来调节pH值。 
在一个实施方案中,本发明中对大肠杆菌进行培养的方法包括以下步骤: 
(1)将本发明的重组大肠杆菌接种于种子培养基,在适宜大肠杆菌生长的条件下培养一段时间得到种子液; 
(2)将种子液接种于发酵培养基,在厌氧条件下进行发酵,并在发酵过程中使用氨水或氢氧化钠作为中和剂来将pH值调节至6.0-8.0。 
本发明的方法中可以使用本领域中常规用于培养大肠杆菌的各种培养条件,例如培养基、培养温度、培养时间和是否摇动以及摇动速度等。本领域技术人员根据需要可以选择适当的培养条件。本发明的方法中所使用的培养条件以及发酵条件是本领域技术人员熟知的(诸葛健等,1994,工业微生物实验技术手册,中国轻工业出版社)。 
在一个实施方案中,本发明的培养条件包括但不限于:温度为30-50℃,例如30-31℃、31-32℃、32-33℃、33-34℃、34-35℃、35-36℃、36-37℃、37-38℃、38-39℃、39-40℃、40-41℃、41-42℃、42-43℃、43-44℃、44-45℃、45-46℃、46-47℃、47-48℃、48-49℃、或49-50℃。 
在一个实施方案中,本发明的培养条件包括但不限于:种子培养的时间为6-16小时,例如6-7小时、7-8小时、8-9小时、9-10小时、10-11小时、11-12小时、12-13小时、13-14小时、14-15小时、或15-16小时。 
在一个实施方案中,本发明的培养条件包括但不限于:发酵培养的时间为1-5天,例如1天、2天、3天、4天、或5天。 
在一个实施方案中,本发明的培养条件包括但不限于:将本发明的重组大肠杆菌按照0.1-10%(V/V)的接种量接种于种子培养基,例如0.1%、0.5%、1%、2.5%、5%、或10%。 
在一实施方案中,本发明的培养条件包括但不限于:将种子液按照终浓度OD550=0.01-0.5的接种量接种于发酵培养基,例如OD550为0.01-0.05、0.05-0.1、0.1-0.2、0.2-0.3、0.3-0.4或0.4-0.5。 
在一实施方案中,可以使用常用于大肠杆菌的培养基。用于本发明的大肠杆菌的培养基可以包括合适的氮源,例如有机含氮化合物或无机含氮化合物或其混合物。在一实施方案中,所述有机含氮化合物例如选自豆饼粉、花生饼粉、牛肉 膏、鱼粉、酵母膏、蛋白胨、玉米浆中的一种或任意几种的混合物,所述无机含氮化合物选自硝酸盐(如硝酸钠、硝酸钾、硝酸钙),铵盐(如磷酸铵、硫酸铵、硝酸铵、氯化铵)中的一种或任意几种的混合物。在一实施方案中,用于本发明的大肠杆菌的培养基可以包括合适的碳源,例如选自葡萄糖、淀粉、淀粉水解糖、果糖、糊精、乳糖、半乳糖、木糖、蔗糖、甘油、麦芽糖、脂肪酸、乙酸、丙酮酸、和富马酸中的一种或任意几种的混合物。 
在一个实施方案中,本发明的方法中所使用的种子培养基和发酵培养基由以下成分组成(溶剂为水): 
大量元素:葡萄糖、NH4H2PO4、(NH4)2HPO4、MgSO4·7H2O、和甜菜碱-HCl; 
微量元素:FeCl3·6H2O、CoCl2·6H2O、CuCl2·2H2O、ZnCl2、Na2MoO4·2H2O、MnCl2·4H2O2、和H3BO3。 
在一个实施方案中,本发明的培养基由以下成分组成(溶剂为水): 
大量元素:葡萄糖20-140g/L,NH4H2PO40.5-1.5g/L、(NH4)2HPO42-5g/L、MgSO4·7H2O0.1-0.3g/L、以及甜菜碱-HCl0.1-1g/L; 
微量元素:FeCl3·6H2O1-5μg/L、CoCl2·6H2O0.05-1μg/L、CuCl2·2H2O0.05-1μg/L、ZnCl20.05-1μg/L、Na2MoO4·2H2O0.05-1μg/L、MnCl2·4H2O20.1-1μg/L,H3BO30.01-0.5μg/L。 
在一个实施方案中,本发明中对大肠杆菌进行培养的具体方法如下: 
将菌株厌氧发酵,包括以下步骤: 
(1)种子培养:将1/3-1/2体积的种子培养基置于三角瓶中,高温高压灭菌。冷却后将本发明的重组大肠杆菌按照0.1-10%(V/V)的接种量接种于种子培养基,在37℃或42℃以及摇动的条件下培养6-16小时得到种子液,用于发酵培养基接种; 
(2)发酵培养:将1/3-1/2体积的发酵培养基体积置于厌氧发酵罐中,将种子液按照终浓度OD550=0.01-0.5的接种量接种于发酵培养基,37℃或42℃培养1-5天,得到发酵液。 
在一个实施方案中,本发明生产乳酸的方法中还包括从发酵液中提取和/或纯化乳酸的步骤。 
在一个实施方案中,本发明的方法包括如下步骤: 
(1)发酵培养本发明的大肠杆菌;和 
(2)收获产生的D-乳酸;任选地分离或纯化所述D-乳酸。 
在第三方面,本发明涉及本发明的大肠杆菌在生产乳酸中的用途。 
实施例
本发明通过下述实施例进一步阐明,但任何实施例或其组合不应当理解为对本发明的范围或实施方式的限制。本发明的范围由所附权利要求书限定,结合本说明书和本领域一般常识,本领域普通技术人员可以清楚地明白权利要求书所限定的范围。在不偏离本发明的精神和范围的前提下,本领域技术人员可以对本发明的技术方案进行任何修改或改变,这种修改和改变也包含在本发明的范围内。 
下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明,均为常规方法。下述实施例中所用的材料、试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径得到。 
本发明包括如下实施例: 
实施例1、重组大肠杆菌Dlac-006的构建
重组大肠杆菌Dlac-006的构建(表1),分为以下3个步骤: 
(1)丙酮酸甲酸裂解酶编码基因pflB的敲除 
(1-1):首先构建质粒pXZ-CS,用于基因敲除、基因表达调控和外源基因整合。 
质粒构建操作步骤共四步: 
第一步,以pACYC184质粒DNA(Mok et al.,1991,Nucleic Acids Res19:2321-2323)为模板,使用引物184-cat-up(SEQ ID No.:5)和184-cat-down(SEQ ID No.:6),扩增得到氯霉素抗性基因,基因片段大小为994bp,包含有氯霉素基因启动子序列,称为片段I。 
扩增体系为:NewEngland Biolabs Phusion5X缓冲液10μl、dNTP(每种dNTP各10mM)1μl、DNA模板20ng、引物(10μM)各2μl、Phusion High-Fidelity DNA聚合酶(2.5U/μl)0.5μl、蒸馏水33.5μl,总体积为50μl。 
扩增条件为98℃预变性2分钟(1个循环);98℃变性10秒、56℃退火10秒、72℃延伸30秒(30个循环);72℃延伸5分钟(1个循环)。 
第二步,以芽孢杆菌Bacillus subtilis sp subtilis168的染色体DNA(该菌购自中国普通微生物菌种保藏中心,CGMCC No.1.1390)为模板,使用引物Bs-sacB-up(SEQ ID No.:7)和Bs-sacB-down(SEQ ID No.:8)进行PCR扩增果聚糖蔗糖转移酶基因(sacB),基因片段大小为1618bp,含有sacB基因启动子序列,称为片段II。扩增体系和扩增条件参见上文第一步。 
第三步,将第一步得到的片段I和第二步得到的片段II分别用限制性内切酶SacI(NEB公司)在37℃酶切30分钟;PCR纯化试剂盒清洗(Gel/PCR Extration Kit,购自BioMIGA生物技术有限公司);各取20ng片段I和片段II,加入1μl10XT4连接缓冲液(NEB公司)、1μl T4-DNA连接酶(NEB公司),补充蒸馏水至10μl,25℃反应5分钟;以酶连片段为底物,取1μl,用引物184-cat-up和Bs-sacB-down进行PCR扩增,扩增体系和扩增条件参见上文第一步,得到含有 cat-sacB的连接片段III。 
第四步,将经所述PCR所获得的片段III取1μl,加入1μl pEASY-blunt simple载体(试剂盒,北京全式金生物技术有限公司),25℃反应15分钟;氯化钙转化法:加入50μl Trans10感受态细胞(购自北京全式金生物技术有限公司)中进行,冰浴30分钟。42℃热激30秒,立即置于冰上2分钟。加入250μl LB培养基,200rpm,37℃孵育1小时。取200μl菌液涂在含有氨苄霉素(终浓度为100μg/ml)和氯霉素(终浓度为34μg/ml)的LB平板上,过夜培养后,挑选5个阳性单菌落,进行菌落PCR验证,引物为M13-F(SEQ ID No.:9)/M13-R(SEQ ID No.:10)。送样测序分析,结果正确的为阳性克隆,得到质粒pXZ-CS(表3)。 
(1-2):从大肠杆菌ATCC8739(Gunsalus et al.,1941,J Biol Chem141:853-858)出发,采用两步同源重组的方法敲除pflB基因,获得重组大肠杆菌Dlac-002,包括以下六步: 
第一步,以大肠杆菌ATCC8739基因组DNA为模板,使用引物XZ-pflB-up(SEQ ID No.:11)和XZ-pflB-down(SEQ ID No.:12)进行PCR扩增,PCR产物为2260bp,该PCR产物包含大肠杆菌ATCC8739的丙酮酸甲酸裂解酶编码基因pflB(GenBank No:ACA78322.1)及其上下游各大约400个碱基。扩增体系和扩增条件参考实施例上文(1-1)中的第一步。 
将扩增得到的2260bp PCR产物克隆到pEASY-Blunt克隆载体(购自北京全式金生物技术有限公司)上。克隆体系及氯化钙转化法参见上文(1-1)中质粒pXZ-CS构建方法中的第四步。取200μl菌液涂在含有卡那霉素(终浓度为50μg/ml)的LB平板上,过夜培养后,挑选5个阳性单菌落,进行菌落PCR验证,引物为M13-F/M13-R。送样测序分析,结果正确的为阳性克隆,将得到的重组质粒命名为pXZ014。 
第二步,以pXZ014质粒DNA为模板,使用引物XZ-pflB-1(SEQ ID No.:13)和XZ-pflB-2(SEQ ID No.:14)进行PCR扩增,得到4828bp的PCR产物,该PCR产物包含pEASY-Blunt载体和丙酮酸甲酸裂解酶编码基因上下游各约400个碱基。扩增体系和扩增条件参考实施例上文(1-1)中的第一步。 
第三步,将含有氯霉素基因(cat)和果聚糖蔗糖转移酶基因(sacB)DNA片段cat-sacB连接至第二步的PCR扩增产物,具体如下: 
以pXZ-CS为模板,使用引物cat-sacB-up(SEQ ID No.:15)和cat-sacB-down(SEQ ID No.:16)进行PCR扩增,得到2618bp的PCR产物,即为含有氯霉素基因(cat)和果聚糖蔗糖转移酶基因(sacB)的DNA片段。 
连接体系为:10ng的第二步4828bp的PCR产物、30ng的cat-sacB DNA片段,2μl10XT4连接缓冲液(NEB公司),1μl T4连接酶(NEB公司,400,000 cohesive end units/ml),补充蒸馏水至20μl。室温连接2小时。取10ul用氯化钙转化法转入Trans10,过程参见上文(1-1)中质粒pXZ-CS构建方法中的第四步。取200μl菌液涂在含有氯霉素(终浓度为34ug/ml)的LB平板上,过夜培养后,挑选5个阳性单菌落,将阳性克隆进行液体培养,提取阳性克隆质粒(将cat-sacB DNA片段克隆到pXZ014中的质粒)进行测序验证,测序结果在上述第二步的PCR扩增产物上连接了cat-sacB DNA片段,证明质粒构建正确,将得到的重组质粒命名为pXZ015C。 
第四步,以pXZ015C质粒DNA为模板,使用引物XZ-pflB-up/XZ-pflB-down扩增出3515bp DNA片段I。扩增体系和扩增条件参见上文(1-1)中质粒pXZ-CS构建步骤中的第一步。DNA片段I包含丙酮酸甲酸裂解酶编码基因pflB上游约400个碱基、cat-sacB DNA片段、丙酮酸甲酸裂解酶编码基因pflB下游约400个碱基。 
将DNA片段I用于第一次同源重组:首先将pKD46质粒(Datsenko and Wanner 2000,Proc Natl Acad Sci USA 97:6640-6645;质粒购买于美国耶鲁大学CGSC大肠杆菌保藏中心,CGSC#7739)通过氯化钙转化法转化至大肠杆菌ATCC8739,然后将DNA片段I电转至带有pKD46的大肠杆菌ATCC8739。 
电转条件为:首先准备带有pKD46质粒的大肠杆菌ATCC8739的电转化感受态细胞(Dower et al.,1988,Nucleic Acids Res16:6127-6145);将50μl感受态细胞置于冰上,加入50ng DNA片段I,冰上放置2分钟,转移至0.2cm的Bio-Rad电击杯。使用MicroPulser(Bio-Rad公司)电穿孔仪,电击参数为电压2.5kv。电击后迅速将1ml LB培养基转移至电击杯中,吹打5次后转移至试管中,75rpm,30℃孵育2小时。取200μl菌液涂在含有氯霉素(终浓度为34ug/ml)的LB平板上,37℃过夜培养后,挑选5个单菌落进行PCR验证,使用引物XZ-pflB-up/XZ-pflB-down进行验证,挑选一个正确的单菌落,命名为Dlac-001。 
第五步,将第二步得到的4828bp的PCR产物进行磷酸化处理,自连接得到的质粒用于第二次同源重组;具体步骤如下:将第二步的4818bp的PCR产物首先用PCR纯化试剂盒清洗(Gel/PCR Extration Kit,购自BioMIGA生物技术有限公司);取30ng纯化后的PCR扩增产物,加入2μl10XT4连接缓冲液(NEB公司)、1μl T4多核苷酸激酶(NEB公司),补充蒸馏水至20μl,37℃反应30分钟;加入1μl T4连接酶(NEB公司,400,000粘附末端单位/ml),室温反应2小时得到连接产物。酶连产物取10ul用氯化钙转化法转入Trans10,过程参见上文(1-1)中质粒pXZ-CS构建步骤中的第四步。取200μl菌液涂在含有卡那霉素(终浓度为50ug/ml)的LB平板上,过夜培养后,挑选5个阳性单菌落,将阳性克隆进行液体培养,提取阳性克隆质粒进行测序验证,测序结果上述第二步的PCR扩增 产物进行了自连,证明质粒构建正确,得到质粒pXZ016。 
第六步,以pXZ016质粒DNA为模板,用引物XZ-pflB-up/XZ-pflB-down扩增出897bp DNA片段II。DNA片段II用于第二次同源重组。将DNA片段II电转至菌株Dlac-001。 
电转条件为:首先准备带有pKD46质粒的Dlac101的电转化感受态细胞(制备方法参见Dower et al.,1988);将50μl感受态细胞置于冰上,加入50ng DNA片段II,冰上放置2分钟,转移至0.2cm的Bio-Rad电击杯。使用MicroPulser(Bio-Rad公司)电穿孔仪,电击参数为电压2.5kv。电击后迅速将1ml LB培养基转移至电击杯中,吹打5次后转移至试管中,75转,30℃孵育4小时。将菌液转移至含有10%蔗糖的没有氯化钠的LB液体培养基(250ml烧瓶中装50ml培养基),培养24小时后在含有6%蔗糖的没有氯化钠的LB固体培养基上划线培养。经过PCR验证,所用引物为XZ-pflB-up/XZ-pflB-down,正确的菌落扩增产物为897bp的片段,挑选一个正确的单菌落,将其命名为Dlac-002(表1)。 
敲除pflB基因所构建的质粒见表3,使用的引物序列见表2。 
(2)富马酸还原酶编码基因frdABCD的敲除 
从重组大肠杆菌Dlac-002出发,使用和实施例1(1-2)相同的方法敲除富马酸还原酶编码基因frdABCD(frdA GenBank No:ACA79460.1,frdB GenBank No:ACA79461.1,frdC GenBank No:ACA79462.1,frdD GenBank No:ACA79463.1),得到重组大肠杆菌Dlac-004。构建的质粒见表3,使用的引物序列见表2。其中引物的命名对应于敲除pflB基因过程中所使用的引物的名称,仅分别将pflB替换为frdB或frdC。 
(3)甲基乙二醛合成酶基因mgsA的敲除 
从重组大肠杆菌Dlac-004出发,使用和实施例1(1-2)相同的方法敲除甲基乙二醛合成酶mgsA基因(GenBank No:ACA78263.1),得到重组大肠杆菌Dlac-006。构建的质粒见表3,使用的引物序列见表2。其中引物的命名对应于敲除pflB基因过程中所使用的引物的名称,仅分别将pflB替换为mgsA。 
表1、生产乳酸的重组大肠杆菌 
表2、本发明中使用的引物 
表3、本发明中构建的质粒 
实施例2:使用重组大肠杆菌Dlac-002、Dlac-004和Dlac-006生产乳酸
种子培养基由以下成分组成(溶剂为水): 
大量元素:葡萄糖20g/L,NH4H2PO40.87g/L、(NH4)2HPO42.63g/L、MgSO4·7H2O0.18g/L、甜菜碱-HCl0.15g/L。 
微量元素:FeCl3·6H2O1.5μg/L、CoCl2·6H2O0.1μg/L、CuCl2·2H2O0.1μg/L、ZnCl20.1μg/L、Na2MoO4·2H2O0.1μg/L、MnCl2·4H2O0.2μg/L,H3BO30.05μg/L。 
发酵培养基大部分和种子培养基相同,区别是葡萄糖浓度为100g/L。 
Dlac-002、Dlac-004和Dlac-006厌氧发酵,包括以下步骤: 
(1)种子培养:250ml三角瓶中种子培养基为100ml,115℃灭菌15min。冷却后将重组大肠杆菌Dlac-002、Dlac-004和Dlac-006按照1%(V/V)的接种量接种于种子培养基,在37℃和100rpm的条件下培养12小时得到种子液,用于发酵培养基接种。 
(2)发酵培养:500ml厌氧罐中发酵培养基体积为250ml,将种子液按照终浓度OD550=0.1的接种量接种于发酵培养基,37℃,150rpm,发酵2天,得到发酵液。中和剂为5M氨水,使发酵罐的pH控制在7.0。发酵液为发酵罐内所有物质。培养过程中没有通任何气体。 
分析方法:使用安捷伦(Agilent-1200)高效液相色谱仪对48小时的发酵液中的组分进行测定。发酵液中的葡萄糖和有机酸浓度测定采用伯乐(Biorad)公司的 Aminex HPX–87H有机酸分析柱。乳酸光学纯度分析采用日本Sumika Chemical Analysis Service公司的SUMICHIRAL OA-6000手性柱分析。结果见表4。 
结果见图2,在三种菌的液相色谱中没有检测到L-乳酸的存在,Dlac-002,Dlac-004,Dlac-006所产D-乳酸的光学纯度高于99.5%。图2中图2A为D-乳酸标准品,图2B为L-乳酸标准品,图2C为D-乳酸和L-乳酸的混合物(D-乳酸光学纯度为99.5%),图2D为Dlac-002,图2E为Dlac-004,图2F为Dlac-006。 
表4:重组大肠杆菌发酵生产乳酸 
a使用500ml的发酵罐,发酵培养基为250ml。使用的中和剂为5M氨水,使发酵罐的pH控制在7.0。 
实施例3:重组大肠杆菌Dlac-012的构建
从Dlac-006出发,通过进化代谢同步提高细胞生长和乳酸生产能力。 
进化代谢所使用的发酵培养基由以下成分组成(溶剂为水): 
大量元素:葡萄糖100-140g/L,NH4H2PO40.87g/L、(NH4)2HPO42.63g/L、MgSO4·7H2O0.18g/L、甜菜碱-HCl0.15g/L。 
微量元素:FeCl3·6H2O2.4μg/L、CoCl2·6H2O0.3μg/L、CuCl2·2H2O0.15μg/L、ZnCl20.3μg/L、Na2MoO4·2H2O0.3μg/L、MnCl2·4H2O0.5μg/L,H3BO30.072μg/L。 
进化代谢过程使用500ml的发酵罐,发酵培养基为250ml。使用5M氨水为中和剂,使发酵罐的pH控制在7.0。 
第1-250代,发酵培养基中葡萄糖浓度为100g/L(即10%);每24小时,将发酵液转接到新的发酵罐中,使初始OD550达0.05。 
第250-340代,发酵培养基中葡萄糖浓度为120g/L(即12%);每24小时,将发酵液转接到新的发酵罐中,使初始OD550达0.05; 
第340-430代,发酵培养基中葡萄糖浓度为130g/L(即13%);每24小时,将发酵液转接到新的发酵罐中,使初始OD550达0.05; 
第430-520代,发酵培养基中葡萄糖浓度为140g/L(即14%);每24小时,将发酵液转接到新的发酵罐中,使初始OD550达0.05。 
经过520代进化,获得菌株Dlac-012(图3)。Dlac-012菌株以保藏号CGMCC7678保藏于CGMCC。 
实施例4:重组大肠杆菌Dlac-012在500ml发酵罐中的发酵
种子培养基和实施例3相同。 
使用500ml的发酵罐,发酵培养基为250ml。发酵培养基基本上和种子培养基相同,区别是葡萄糖浓度为140g/L,使用的中和剂为5M氨水,使发酵罐的pH控制在7.0。 
结果:Dlac-012发酵48小时后,乳酸产量达1460mM,产率达1.88mol/mol(表4),光学纯度>99.5%(图4)。 
实施例5:重组大肠杆菌Dlac-012在5L发酵罐中的发酵
种子培养基、分析方法和实施例3相同。发酵培养基基本上和种子培养基相同,区别是葡萄糖浓度为140g/L。 
Dlac-012在5L发酵罐(上海保兴,BIOTECH-5BG)中的厌氧发酵,包括以下步骤: 
(1)种子培养:500ml三角瓶中种子培养基为150ml,115℃灭菌15min。冷却后将重组大肠杆菌Dlac-012按照1%(V/V)的接种量接种于种子培养基,在37℃和100rpm的条件下培养12小时得到种子液,用于发酵培养基接种。 
(2)发酵培养:5L中发酵培养基体积为3L,115℃灭菌25min。将种子液按照终浓度OD550=0.2的接种量接种于发酵培养基,37℃厌氧培养2天,搅拌转速200rpm,得到发酵液。发酵液为发酵罐内所有物质。培养过程没有通任何气体。 
结果如图5所示:发酵48小时后,乳酸产量达1478mM(相当于133g/L),产率达1.9mol/mol(相当于0.95g/g),D-乳酸光学纯度>99.5%。 
实施例6:重组大肠杆菌Dlac-012的基因组分析
对重组大肠杆菌Dlac-012的基因组测序,包括以下步骤: 
(1)发酵培养 
种子培养和发酵培养与实施案例3中的方法相同。共设3个厌氧发酵平行 
(2)Dlac-012的基因组制备: 
发酵至OD550=3.2时,三个平行分别取样后混匀,用Genomic DNA Purification Kit(promega)抽提细菌基因组DNA。DNA浓度的检测通过Qubit Fluorometer和琼脂糖凝胶电泳定量完成。 
(3)基因组重测序: 
重测序由深圳华大基因科技有限公司完成。采用全基因组鸟枪法,构建Paired-End片段库进行测序,整体测序深度在100倍以上,期望数据量为500Mbp。测序采用的技术方法和路线为:DNA样品制备――上机测序――数据处理—生物信息分析。序列分析的参考序列为ATCC8739的基因组序列(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010468.1)。 
基因组测序结果:通过基因组测序分析,发现除了上述实施例中所进行的基因修饰之外,仅有1个基因发生了突变,该基因为D-乳酸脱氢酶基因,其核苷酸序列在844位由C突变为T(图6)。将该基因命名为ldhA*。 
实施例7:重组大肠杆菌Dlac-012的酶活性性测定
对重组大肠杆菌Dlac-006和Dlac-012的酶活性进行测定,包括以下步骤: 
(1)发酵培养: 
Dlac-006种子培养和发酵培养与实施案例2中的方法相同。 
Dlac-012的种子培养和发酵培养与实施案例4中的方法相同。 
(2)细胞粗酶液的准备: 
发酵液培养到对数生长期。4℃离心收集对数生长期的发酵液15ml。用预冷的Tris-HCl(pH7.5)洗2次;并将菌体重悬于1.5ml的Tris-HCl(pH7.5)中。用超声细胞粉碎机(SCIENTZ-II0,宁波新芝生物科技股份有限公司)破碎细胞,超声强度为30%,时间为7min,超声过程为超声1sec,停2sec。最后,将破碎的细胞于4℃,10000rpm离心20min,去除细胞碎片。 
粗酶液总蛋白浓度的测定:粗酶液总蛋白浓度用Bio-Rad Protein Assay(伯乐生物技术有限公司)试剂盒进行测定,操作按试剂盒提供的说明书进行。 
(3)D-乳酸脱氢酶(D-lactate dehydrogenase,LdhA)的测定 
1ml反应液中含有100mM Tris(pH8.0),0.5mM NADH,10mM Pyruvate,10μl粗酶液。由于丙酮酸在D-乳酸脱氢酶的作用下可被NADH还原为D-乳酸。因此可以测定NADH在340nm处吸收值的减少确定乳酸脱氢酶的酶活性;消 光系数为6.3mM-1cm-1。酶活性单位定义为:反应1min,减少1μmol NADH所需的酶量,为一个酶活性单位。 
结果:经过进化代谢的菌株Dlac-012的酶活性为1.5U/mg蛋白,是出发菌株重组大肠杆菌Dlac-006(酶活性为1U/mg蛋白)的1.5倍。 
实施例8:重组大肠杆菌Dlac-014的构建
从重组大肠杆菌Dlac-012出发,使用和实施例1(1-2)类似的方法恢复甲基乙二醛合成酶mgsA基因(GenBank No:ACA78263.1),获得重组大肠杆菌Dlac-014。Dlac-014菌株以保藏号CGMCC7871保藏于CGMCC。 
以pXZ072C质粒DNA和大肠杆菌ATCC8739基因组DNA为模板,用引物XZ-mgsA-up/XZ-mgsA-down分别扩增出3595bp DNA片段I和1635bp DNA片段II,用于第一次和第二次同源重组。得到重组大肠杆菌Dlac-014。构建的质粒见表3,使用的引物序列见表2。 
实施例9:重组大肠杆菌Dlac-014在500ml发酵罐中的发酵
种子培养基和发酵培养基与实施例4相同。 
结果:Dlac-014发酵48小时后,乳酸产量达800mM,产率达1.62mol/mol(表4),光学纯度>99.5%(图7)。 
实施例10:重组大肠杆菌Dlac-206的构建
从Dlac-012出发,通过进化代谢同步提高细胞耐受高温的能力。 
进化代谢所使用的发酵培养基由以下成分组成(溶剂为水): 
大量元素:葡萄糖120g/L,NH4H2PO40.87g/L、(NH4)2HPO42.63g/L、MgSO4·7H2O0.18g/L、甜菜碱-HCl0.15g/L。 
微量元素:FeCl3·6H2O2.4μg/L、CoCl2·6H2O0.3μg/L、CuCl2·2H2O0.15μg/L、ZnCl20.3μg/L、Na2MoO4·2H2O0.3μg/L、MnCl2·4H2O0.5μg/L,H3BO30.072μg/L。 
进化代谢过程使用500ml的发酵罐,发酵培养基为250ml。使用5M氨水为中和剂,使发酵罐的pH控制在7.0。 
第1-190代,发酵温度为40℃,每24小时,将发酵液转接到新的发酵罐中,使初始OD550达0.05. 
第190-360代,发酵温度为42℃,每24小时,将发酵液转接到新的发酵罐中,使初始OD550达0.05. 
经过360代进化,获得菌株Dlac-206(图8)。Dlac-206菌株以保藏号CGMCC 7679保藏于CGMCC。 
实施例11:重组大肠杆菌Dlac-206在500ml发酵罐中的发酵
种子培养基和发酵培养基与实施例4相同。 
使用500ml的发酵罐,发酵培养基为250ml。使用的中和剂为5M氨水,使发酵罐的pH控制在7.0。发酵温度为42度。 
结果如图9:Dlac-206发酵48小时后,乳酸产量达1133mM(相当于102g/L),产率达1.94mol/mol(相当于0.97g/g)(图9A),光学纯度为>99.5%(图9B)。 
保藏信息: 
本发明中的菌株Dlac-012以保藏号CGMCC7678(2013年6月04日,分类命名:大肠埃希氏菌Escherichia coli)保藏于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心(北京市朝阳区北辰西路1号院3号,中国科学院微生物研究所)。 
本发明中的菌株Dlac-206以保藏号CGMCC7679(2013年6月04日,分类命名:大肠埃希氏菌Escherichia coli)保藏于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心(北京市朝阳区北辰西路1号院3号,中国科学院微生物研究所)。 
本发明中的菌株Dlac-014以保藏号CGMCC7871(2013年7月03日,分类命名:大肠埃希氏菌Escherichia coli)保藏于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心(北京市朝阳区北辰西路1号院3号,中国科学院微生物研究所)。 
参考文献 
Adachi E,Mikiko T,Minetaka S,Nikawa J,Shimizu K(1998)Modification of metabolic pathways of Saccharomyces cerevisiae by the expression of lactate dehydrogenase and deletion of pyruvate decarboxylase genes for the lactic acid fermentation at low pH value.J Ferment Bioengin86(3):284-289. 
Bianchi MM,Brambilla L,Protani F,Liu CL,Lievense J,Porro D(2001)Efficient homolactic fermentation by Kluyveromyces lactis strains defective in pyruvate utilization and transformed with the heterologous LDH gene.Appl Environ Microbiol67(12):5621-5625. 
Demirici A,Pometto A(1992)Enhanced production of D(-)-lactic acid by mutants of Lactobacillus delbrueckii ATCC9649.J Indust Microbiol Biotechnol 11:23-28. 
Grabar TB,Zhou S,Shanmugam KT,Yomano LP,Ingram LO(2006)Methlglyoxal bypass identified as source of chiral contamination in L(+)and D(-)-lactate fermentations by recombinant Escherichia coli.Biotechnol Lett28(19):1527-1535. 
Okano K,Zhang Q,Shinkawa S,Yoshida S,Tanaka T,Fukuda H,Kondo A(2009)Efficient production of optically pure D-lactic acid from raw corn starch by using a genetically modified L-lactate dehydrogenase gene-deficient and alpha-amylase-secreting Lactobacillus plantarum strain.Appl Environ Microbiol75(2):462-467. 
Stewart BJ,Navid A,Kulp KS,Knaack JL,Bench G(2013)D-Lactate production as a function of glucose metabolism in Saccharomyces cerevisiae.Yeast(Chichester,England)30(2):81-91. 
Zhou S,Causey TB,Hasona A,Shanmugam KT,Ingram LO(2003)Production of  optically pure D-lactic acid in mineral salts medium by metabolically engineered Escherichia coli W3110.Applied Environ Microbiol69(1):399-407. 
Zhou S,Yomano LP,Shanmugam KT,Ingram LO(2005)Fermentation of10%(w/v)sugar to D:(-)-lactate by engineered Escherichia coli B.Biotechnol Lett27(23-24):1891-1896. 
Zhou S,Shanmugam KT,Yomano LP,Grabar TB,Ingram LO(2006)Fermentation of12%(w/v)glucose to1.2M lactate by Escherichia coli strain SZ194using mineral salts medium.Biotechnol Lett28(9):663-670. 
Zhou X,Ye LWu J(2013)Efficient production of L-lactic acid by newly isolated thermophilic Bacillus coagulans WCP10-4with high glucose tolerance.Appl Microbiol Biotechnol97(10):4309-4314. 
序列表
 

Claims (14)

1.一种重组大肠杆菌,其含有如下修饰:
pflB基因表达的抑制、和/或pflB基因所编码的蛋白质活性的抑制;和
frdABCD基因簇表达的抑制、和/或frdABCD基因簇所编码的蛋白质活性的抑制,
其中所述大肠杆菌还含有突变的ldhA基因,其所编码的多肽在对应于SEQID No.:1所示氨基酸序列中的R282的位置上含有修饰,任选地,所述大肠杆菌中所述突变的ldhA基因的表达增强、和/或所述突变的ldhA基因所编码的蛋白质的活性增强。
2.权利要求1的大肠杆菌,其中在对应于R282的位置上的修饰是用C置换R。
3.权利要求1的大肠杆菌,其中所述突变的ldhA基因在对应于SEQ IDNo.:2所示核苷酸序列中的C844的位置上含有突变。
4.权利要求3的大肠杆菌,其中所述突变是用T置换C。
5.权利要求1-4任一项的大肠杆菌,其中所述突变的ldhA基因位于质粒或染色体中。
6.权利要求5的大肠杆菌,其中所述大肠杆菌以保藏号CGMCC7871保藏于CGMCC。
7.权利要求5的大肠杆菌,其中所述大肠杆菌中还含有如下修饰:
mgsA基因表达的抑制、和/或mgsA基因所编码的蛋白质活性的抑制。
8.权利要求7的大肠杆菌,其中所述大肠杆菌以保藏号CGMCC7678保藏于CGMCC。
9.权利要求7的大肠杆菌,其中所述大肠杆菌以保藏号CGMCC7679保藏于CGMCC。
10.权利要求1-9任一项的大肠杆菌,其用于生产D-乳酸。
11.生产D-乳酸的方法,所述方法包括:
(1)发酵培养权利要求1-10任一项的大肠杆菌;和
(2)收获产生的D-乳酸;任选地分离或纯化所述D-乳酸。
12.权利要求11的方法,其中在步骤(1)中包括使用中和剂调节pH值,所述中和剂选自氨水和氢氧化钠。
13.权利要求11的方法,其中在步骤(1)中的发酵过程于高温下进行,所述高温是指42-50℃。
14.权利要求1-10任一项的大肠杆菌在生产D-乳酸中的用途。
CN201310293659.6A 2013-07-12 2013-07-12 生产d-乳酸的重组大肠杆菌及其应用 Active CN104278003B (zh)

Priority Applications (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201310293659.6A CN104278003B (zh) 2013-07-12 2013-07-12 生产d-乳酸的重组大肠杆菌及其应用
US14/904,179 US9944957B2 (en) 2013-07-12 2014-07-09 Recombinant Escherichia coli for producing D-lactate and use thereof
PCT/CN2014/081878 WO2015003629A1 (zh) 2013-07-12 2014-07-09 生产d-乳酸的重组大肠杆菌及其应用
EP14822447.0A EP3020802B1 (en) 2013-07-12 2014-07-09 Recombinant escherichia coli generated d-lactic acid, and use thereof

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201310293659.6A CN104278003B (zh) 2013-07-12 2013-07-12 生产d-乳酸的重组大肠杆菌及其应用

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN104278003A true CN104278003A (zh) 2015-01-14
CN104278003B CN104278003B (zh) 2018-12-18

Family

ID=52253350

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201310293659.6A Active CN104278003B (zh) 2013-07-12 2013-07-12 生产d-乳酸的重组大肠杆菌及其应用

Country Status (4)

Country Link
US (1) US9944957B2 (zh)
EP (1) EP3020802B1 (zh)
CN (1) CN104278003B (zh)
WO (1) WO2015003629A1 (zh)

Cited By (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN105705630A (zh) * 2015-05-21 2016-06-22 天津科技大学 一种聚合级乳酸单体生产菌及其构建方法与乳酸制造技术
WO2016184044A1 (zh) * 2015-05-21 2016-11-24 天津科技大学 一种聚合级乳酸单体生产菌及其构建方法与乳酸制造技术
CN116004467A (zh) * 2023-01-06 2023-04-25 中国科学院天津工业生物技术研究所 一株耐高温的大肠杆菌及其在生产d-乳酸中的应用
CN116926134A (zh) * 2023-09-18 2023-10-24 寿光金远东变性淀粉有限公司 一种发酵生产d-乳酸的方法

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US9942707B2 (en) 2016-07-25 2018-04-10 International Business Machines Corporation Cognitive geofencing
US9949074B2 (en) 2016-07-25 2018-04-17 International Business Machines Corporation Cognitive geofencing

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1800364A (zh) * 2005-12-05 2006-07-12 中国农业大学 产乳酸途径缺失的工程菌及其构建方法与应用
CN1912107A (zh) * 2005-08-10 2007-02-14 佛罗里达大学研究基金会公司 用于高效乳酸生产的材料和方法
CN102159702A (zh) * 2008-09-16 2011-08-17 三井化学株式会社 生产乳酸的细菌及生产乳酸的方法

Family Cites Families (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101988079A (zh) 2010-01-27 2011-03-23 江苏锐阳生物科技有限公司 一种利用廉价原料发酵生产d-乳酸的方法
US9187772B2 (en) * 2010-09-01 2015-11-17 University Of Florida Research Foundation, Inc. L-malate production by metabolically engineered escherichia coli

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1912107A (zh) * 2005-08-10 2007-02-14 佛罗里达大学研究基金会公司 用于高效乳酸生产的材料和方法
CN1800364A (zh) * 2005-12-05 2006-07-12 中国农业大学 产乳酸途径缺失的工程菌及其构建方法与应用
CN102159702A (zh) * 2008-09-16 2011-08-17 三井化学株式会社 生产乳酸的细菌及生产乳酸的方法

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
T. B. GRABAR等: "Methylglyoxal Bypass Identified as Source of Chiral Contamination in l(+) and d(−)-lactate Fermentations by Recombinant Escherichia coli", 《BIOTECHNOLOGY LETTERS》 *
刘鹏等: "基因工程菌生产 D-乳酸研究进展", 《现代化工》 *
田晋红等: "耐热菌 D 乳酸脱氢酶突变体的可视化建模和大肠杆菌中突变体对产苯乳酸的影响", 《生物工程》 *

Cited By (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN105705630A (zh) * 2015-05-21 2016-06-22 天津科技大学 一种聚合级乳酸单体生产菌及其构建方法与乳酸制造技术
WO2016184044A1 (zh) * 2015-05-21 2016-11-24 天津科技大学 一种聚合级乳酸单体生产菌及其构建方法与乳酸制造技术
CN105705630B (zh) * 2015-05-21 2018-06-12 天津科技大学 一种聚合级乳酸单体生产菌及其构建方法与乳酸制造技术
CN116004467A (zh) * 2023-01-06 2023-04-25 中国科学院天津工业生物技术研究所 一株耐高温的大肠杆菌及其在生产d-乳酸中的应用
CN116004467B (zh) * 2023-01-06 2024-04-16 中国科学院天津工业生物技术研究所 一株耐高温的大肠杆菌及其在生产d-乳酸中的应用
CN116926134A (zh) * 2023-09-18 2023-10-24 寿光金远东变性淀粉有限公司 一种发酵生产d-乳酸的方法
CN116926134B (zh) * 2023-09-18 2023-12-29 寿光金远东变性淀粉有限公司 一种发酵生产d-乳酸的方法

Also Published As

Publication number Publication date
EP3020802B1 (en) 2020-05-13
US20160145653A1 (en) 2016-05-26
CN104278003B (zh) 2018-12-18
EP3020802A4 (en) 2017-03-08
EP3020802A1 (en) 2016-05-18
WO2015003629A1 (zh) 2015-01-15
US9944957B2 (en) 2018-04-17

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Zhang et al. Production of L-alanine by metabolically engineered Escherichia coli
CN1097632C (zh) 具有增加的琥珀酸产量的突变大肠杆菌菌株
CN102329765B (zh) 一种高产l-丙氨酸的xz-a26菌株及构建方法与应用
JP6191061B2 (ja) コハク酸を生産するための組換え大腸菌、及び組み換え大腸菌の使用
Wang et al. Isolation, characterization and evolution of a new thermophilic Bacillus licheniformis for lactic acid production in mineral salts medium
CN102174455B (zh) 生产丁二酸的大肠杆菌基因工程菌及其构建方法与应用
CN103045528B (zh) 生产dl-丙氨酸的工程菌及利用该工程菌生产dl-丙氨酸的方法
CN104278003B (zh) 生产d-乳酸的重组大肠杆菌及其应用
CN102154339A (zh) 一种产丁二酸大肠杆菌基因工程菌株的构建方法
CN102864116B (zh) 产丁二酸基因工程菌及其构建及应用
CN103131663B (zh) 提高丁二酸产量的重组菌及构建方法
CN102643774B (zh) 一株产丁二酸基因工程菌及其发酵生产丁二酸的方法
CN104178442B (zh) 含有突变的lpdA基因的大肠杆菌及其应用
CN104974946A (zh) 耐高渗透压的重组大肠杆菌及其应用
CN101993850B (zh) 一种生产d-乳酸基因工程菌及构建方法和应用
CN106978379A (zh) 一种产异丁醇和乙醇的大肠杆菌及其制备方法
Sun et al. Diammonium phosphate stimulates transcription of L-lactate dehydrogenase leading to increased L-lactate production in the thermotolerant Bacillus coagulans strain
WO2022088263A1 (zh) 一种高效生产琥珀酸的重组大肠杆菌及其构建方法
WO2015154209A1 (zh) 一种高产l-丙氨酸且耐受自来水的菌株及其构建方法
CN103898150B (zh) 产l-丙氨酸且耐受自来水的菌株及构建方法
CN101988079A (zh) 一种利用廉价原料发酵生产d-乳酸的方法
CN114015634B (zh) 高产琥珀酸的重组大肠杆菌及其构建方法和应用
CN110484466B (zh) 一种提高嗜热厌氧杆菌发酵性能的方法
CN117305144A (zh) 一种重组毕赤酵母及其构建方法和在生产l-乳酸中的应用

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant