AT500719A1 - Chaperone als tumormarker - Google Patents

Description

  Die vorliegende Erfindung betrifft ein Verfahren zur Diagnostizierung eines Tumors in einer Körperflüssigkeits- oder Gewebeprobe.
Chaperone (CH) und Hitzeschock-Proteine (HSPs) spielen in der Tumor-Biologie eine wichtige Rolle und stehen noch immer im Mittelpunkt des Interesses. Die Hitzeschock-Antwort wurde im Jahre 1962 von Ritossa [1] entdeckt, der berichtete, dass eine höhere Temperatur bei den Polyethylen-Chromosomen der Speicheldrüse von Drosophila busckii zum Auftreten eines neuen Aufblähungsmusters führte.

   Seit damals zeigten die Bemühungen zahlreicher Forscher, dass die Hitzeschock-Antwort ubiquitär und hoch koserviert ist - bei allen Organismen, von Bakterien bis zu Plfanzen und Tieren - als essentieller Verteidigungsmechanismus zum Schütze der Zellen gegen eine Vielfalt schädlicher Bedingungen, einschliesslich Temperaturanstieg oder Hitzeschock, Verringerung des pH-Werts, Übersalzung, Alkohole, Schwermetalle, oxidativen Stress, Inhibitoren des Energie-Metabolismus, Fieber oder Entzündung [2, 3] . Dieses breite Spektrum von Funktionen führte zum Ausdruck 'molekularer Chaperon' und zur Entität, die wirkt, um die 'Faltung und Reifung' anderer Proteine in der Zelle zu unterstützen. Es sind jedoch nicht alle HSPs CH, und nicht alle CH sind HSPs [4].
Genetische Untersuchungen zeigten, dass die meisten HSPs lebensnotwendig sind.

   Man nimmt an, dass sie bei der Konformations-Reifung einer entstehenden Polypeptid-Kette in prokaryontischen und eukaryontischen Zellen eine unverzichtbare Rolle spielen. HSPs sind traditioneller Weise nach dem Molekulargewicht in fünf Hauptfamilien gruppiert. Sie wurden als HSP90 (Hitzeschock-Protein mit apparentem Molekulargewicht 90 kDa) , HSP70 (70-kDa HSPs) HSP60 (60-kDa HSPs) HSP40 oder DnaJ (40-kDa HSPs) und kleine Hitzeschock-Proteine (small heat shock proteins, sHSPs) bezeichnet [5, 6, 7].
Die Verbindung von HSPs mit der Tumor-Immunität wurde in den 80er Jahren des 20. Jahrhunderts [8, 9, 10] entdeckt. Es wurde festgestellt, dass strukturell unveränderte HSPs, die aus Tumorzellen gereinigt werden, Tiere immunisieren konnten, um eine Tumor-spezifische Immunität zu erzeugen, wogegen entsprechende Präparate aus normalen Geweben dies nicht bewirkten.

   Viele interessante Beobachtungen wurden in jüngster Zeit im Hinblick auf die Fähigkeit der CHs, die Tumor-Biologie zu requ-
NACHGEREICHT lieren, gemacht. Man weiss, dass HSP70 und andere CHs Determinanten für den Zelltod und Zelltransformationsprozesse sind. Die erhöhte Expression von HSP70 und HSP90 in Tumorzellen wurde in mehreren Fällen nachgewiesen [11, 12] . Kürzlich wurde erkannt, dass HSPs die Apoptose regulieren. HSP27 und HSP70 wirken antiapoptotisch, wogegen HSP60 und HSP10 proapoptotisch wirken. Die Fähigkeit der HSPs, Zellen vor belastenden Stimuli zu schützen, lässt den Schluss zu, dass diese Proteine eine Rolle bei der Tumorgenität ( "tumorigenicity") spielen, mit der Tatsache, dass es sich zeigte, dass Zellen oder Gewebe aus verschiedenen Tumoren ungewöhnlich grosse Mengen eines oder mehrerer HSPs exprimieren.

   Versuchsmodelle bestätigten die Rolle der HSPs in der Tumorgenese, da es sich zeigte, dass HSP27 und HSP70 das Tumor-bildende Potential von Nager-Zellen bei syngenetischen Wirten erhöhen [13, 14] .
Der Beitrag der HSPs zur Tumorgenese kann auf ihre pleiotropen Aktivitäten als molekulare Chaperone zurückzuführen sein, die den Krebszellen die Möglichkeit bieten, Protein-Aktivitäten, insbesondere Komponenten des Zellzyklus-Mechanismus, Kinasen und andere Proteine, die bei der Weiterentwicklung des Tumors impliziert sind, zu verändern.

   Die HSP70-Chaperon-Aktivität beeinflusst möglicherweise auch die Tumorgenese, indem sie die Aktivität von Proteinen, die am Zellzyklus-Mechanismus beteiligt sind, reguliert [15] .
Klinisch gesehen wurde bei einer Reihe von Krebsarten, wie Leukämie, Brustkrebs und Gebärmutterschleimhaut-Krebs eine erhöhte Menge an HSP27 im Vergleich zu der bei nicht-transformierten Zellen vorhandenen Menge nachgewiesen [16]. Ausserdem wurde eine gesteigerte Expression von HSP70 auch bei hochgradig malignen Tumoren, wie Brustkrebs und GebärmutterschleimhautKrebs, Osteosarkom und Nierenzellentumoren berichtet [17, 18, 19] . Die HSP70-Mengen korrelieren mit der Malignität bei Osteosarkom und Nierenzellentumoren; seine Expression ist paradoxerweise mit einer besseren Prognose verbunden [18, 20] .

   HSP90 und HSP60 werden auch bei Brust-Tumoren, Lungenkrebs, Leukämien und Hodgkin-Krankheit überexprimiert [19, 21, 22, 23] . Die molekulare Basis für die Überexpression von HSPs bei Tumoren wird nicht vollständig verstanden und könnte verschiedene Ätiologien haben. Beispielsweise kann sie auf eine suboptimale Zellumqebunq in gefässarmen hypoxischen Tumoren zurückzuführei
NTOHÖ[epsilon]f^^jr Wachstumsbedingungen innerhalb des soliden Tumors [24].
In der WO 00/70340 ist ein Diagnose-System offenbart, bei welchem Gewebeproben von Patienten mittels 2-D-Gel-Elektrophorese, gefolgt von einer Computer-unterstützten multivariaten Analyse (mit der Partial Least Square Diskriminanz-Analyse) untersucht werden.

   Dieser Ansatz war jedoch sehr unspezifisch, und mit diesem Verfahren können viele unverlässliche Daten erhalten werden.
Es ist ein Ziel der vorliegenden Erfindung, Mittel vorzusehen, welche die Diagnose eines breiten Spektrums von Tumoren bei einem Individuum ermöglichen.
Daher sieht die vorliegende Erfindung ein Verfahren zum Diagnostizieren eines Tumors bei einem Säuger vor, welches die folgenden Schritte umfasst:

  
Vorsehen einer Probe einer Körperflüssigkeit oder einer Gewebeprobe dieses Säugers,
Feststellen der Anwesenheit mindestens eines Proteins mindestens einer Protein-Familie ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus der Hitzeschock-Protein-90-Familie, der HitzeschockProtein-70-Familie, der TCP-l/cpn60-Chaperonin-Familie, der DnaJ-Familie und der Thioredoxin-Familie, und/oder mindestens eines Proteins ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus PeptidylProlyl-cis-trans-Isomerase A, Stress-induziertem Phosphoprotein 1, hsc70-interagierendem Protein, FK506-bindendem Protein 4, Hitzeschock-27 kDa-Protein, endoplasmatischem Retikulum-Protein Erp29, Prefoldin-Untereinheit 2, Prefoldin-Untereinheit 3, Aktivator des 90 kDa-Hitzeschock-Proteins-ATPase-Homolog 1, molekularem Chaperon-Regulator-2 der BAG-Familie, MitochondrienGrpE-Protein-Homolog 1 und HSPC015, und
Diagnostizieren eines Tumors,

   wenn mindestens eines dieser Proteine in der Probe festgestellt wird.
Mit der vorliegenden Erfindung stellte man fest, dass jeder Tumor seinen charakteristischen "Chaperon-Fingerabdruck" ("chaperone fingerprint") hat, d.h. ein charakteristisches Profil der Chaperon-Expression, die für den Tumor einzigartig ist und von Patient zu Patient nur geringfügig verschieden ist.
Ausserdem sind diese "Chaperon-Fingerabdrücke", die nachfolgend auch als Chaperon-Referenz-Karten ("chaperone reference maps", CRMs) bezeichnet werden, für den Tumor-Zustand charakteristisch und ermöglichen eine verlässliche differential-diagnos-
NACHGEhü. .

   tische Analyse mit einer sehr geringen Menge des (Tumor) -Gewebes oder der Körperflüssigkeit des Patienten.
Eine bestimmte Art von Chaperon-Fingerabdruck kann durch die zweidimensionale Gel-Elektrophorese, verbunden mit einer Massenspektrometrie-Analyse der detektierten Protein-Spots, vorgesehen werden.

   Andere Verfahren können je nach ihrer Durchführbarkeit für die Überprüfung einer grossen Menge von Marker-Chaperonen (z.B. >10, >20, >30, >40 oder sogar >50 verschiedene Chaperone) innerhalb einer kurzen Zeit (innerhalb 1 Woche, innerhalb von zwei Tagen, innerhalb eines Tages oder selbst innerhalb von ein paar (z.B. 2, 8, 12) Stunden) angewendet werden.
Der Versuchsansatz gemäss der WO 00/70340 (die durch Bezugnahme hierin mit eingeschlossen ist) kann für die vorliegende Erfindung leicht adaptiert werden, insbesondere bis zum (d.h. einschliesslich des) Vorsehen (s) der 2-D-Gel-Elektrophorese.

   Die Analyse gemäss der vorliegenden Erfindung involviert jedoch ausdrücklich nur die Chaperone, vorzugsweise kombiniert mit einer sehr spezifischen Detektionsmethode, wie MS, und ermöglicht auch die Detektion von Chaperonen in Protein-Spots, die mehr als eine Protein-Spezies enthalten.
Auf Grund der Tatsache, dass Tumoren unterschiedliche Protein-Expressions-Profile zeigen, erwiesen sich die hierin offenbarten Proteine als geeignete Marker-Moleküle für Tumoren.
Diese Proteine und die Gene dafür sind bereits im Stand der Technik offenbart, z.B. als Swiss-Prot-Eintragungen, oder als durch Fachleute überprüfte Veröffentlichung, oder beides.

   Die Bezugnahme auf diese Proteine oder Gene wird immer als Bezugnahme auf diese Eintragungen oder Veröffentlichungen angesehen, insbesondere im Hinblick auf ihre Aminosäure/NukleinsäureSequenzen (auch im Fall von mehr als einer Sequenz-Variation) . Die Hinterlegungsnummern für die Swiss-Prot-Datenbank der hierin offenbarten Proteine sind in Tabelle 1 aufgelistet.

   Es ist klar, dass für die Detektion oder die Bestimmung jedes dieser Proteine/Gene nicht nur die Proteine oder Gene (mRNA, cDNA) als Ganzes, sondern auch charakteristische Fragmente dieser Proteine oder Gene für die vorliegende Erfindung geeignet sind, solange eine spezifische Bestimmung/Detektion möglich ist.
Die Marker-Proteine gemäss der vorliegenden Erfindung werden in gesunden Individuen nicht exprimiert und können daher ideal für die Diagnostizierung von Tumoren verwendet werden.
NACHGEREICHT Die zu analysierende Probe kann dem Gewebe (z.B. Biopsie) oder der Körperflüssigkeit (z.B. dem Blut), von dem bzw. der man vermutet, dass es bzw. sie Tumorzellen enthält, direkt entnommen werden.

   Auf Grund der Tatsache, dass die exprimierten MarkerProteine durch Körperflüssigkeiten in andere Regionen des Körpers transprotiert werden können, können diese Marker auch in Körperflüssigkeiten oder Geweben bestimmt werden, die nicht von Tumorzellen betroffen sind. Das spezifische Protein-ExpressionsProfil der Tumorzellen macht daher eine Diagnose eines bestimmten Tumor-Typs auch durch Analysieren von nicht vom Tumor betroffenen Körperflüssigkeiten und Geweben möglich.
Natürlich kann nicht nur die Anwesenheit, sondern auch die Menge der Marker-Proteine bestimmt werden.
Gemäss der vorliegenden Erfindung inkludiert "Säuger" Menschen.
Vorzugsweise wird das Vorhandensein mindestens eines Proteins durch ein Verfahren bestimmt, das ausgewählt ist aus der Gruppe bestehend aus Protein-Massenspektrometrie, Antikörperbindung, Gel-Elektrophorese,

   vorzugsweise zweidimensionale GelElektrophorese, Chip-Technologie, vorzugsweise unter Verwendung eines Antikörper-Chips, oder Kombinationen davon.
Alle diese Methoden können verwendet werden, um ein MarkerProtein gemäss der vorliegenden Erfindung zweifelsfrei zu identifizieren, und die aus diesen Analysen erhaltenen Ergebnisse können verwendet werden, um eine bestimmte Art von Tumor zu identifizieren. Z.B. kann die Western-Blot-Technik verwendet werden, wenn spezifische Antikörper für das nachzuweisende Marker-Protein zur Verfügung stehen. Auch an einen Chip gebundene Antikörper können zum Bestimmen des Vorhandenseins von Marker-Proteinen verwendet werden. Alternativ kann, wenn keine Antikörper zur Verfügung stehen, Massenspektrometrie angewendet werden.

   Natürlich können alle hierin erwähnten Techniken kombiniert werden, um ein noch leistungsfähigeres Diagnosemittel zu ergeben. Beispielsweise kann ein im Laufe der Gel-Elektrophorese erhaltener Protein-Spot mit einem Massenspektrometer oder mittels der Dot-Blot-Analyse analysiert werden. Alle diese Techniken gehören zum Stand der Technik und sind in vielen Artikeln und Fachbüchern offenbart (z.B.

   "Bioanalytik", Lottspeich und Zorbas, 1998, Spektrum Akademischer Verlag) .
Gemäss einer bevorzugten Ausführungsform der vorliegenden Er-
NACHfiFRFinHT a[iota]

 <EMI ID=6.2> 

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 <EMI ID=6.2> 
 
Hitzeschock-70 kDa-Protein 8.
Vorzugsweise ist das mindestens eine Protein der TCP-l/cpn60-Chaperonin-Familie ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus Mitochondrien-60 kDa-Hitzeschock-Protein, T-Komplex-Protein 1 alpha-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1 beta-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1 gamma-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1 epsilon-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1 zeta-Untereinheit und hypothetischem Protein, das zu 96% homolog mit der Isoform der T-Komplex-Protein 1 epsilon-Untereinheit ist.
Das mindestens eine Protein der DnaJ-Familie ist vorzugsweise ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus DnaJ-Homolog-Unterfamilie A-Mitglied 1,

   DnaJ-Homolog-Unterfamilie A-Mitglied 2 und DnaJ-Homolog-Unterfamilie B-Mitglied 11.
Gemäss der vorliegenden Erfindung ist das mindestens eine Protein der Thioredoxin-Familie ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus Protein-Disulfid-Isomerase, Protein-Disulfid-Isomerase A3 und Protein-Disulfid-Isomerase A6.
Gemäss einer bevorzugten Ausführungsform der vorliegenden Erfindung ist der zu diagnostizierende Tumor ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus Osteosarkom, Knochenmark-Neuroblastom, colorektalem Karzinom, Eierstock-Adenokarzinom, Lungen-Karzinom, akuter Prolmyelozyten-Leukämie, malignem Hautmelanom, Rhabdomyosarkom, Brustkrebs und Gebärmutterhals-Karzinom.
Je nach dem Marker-Protein oder den Proteinen, die in der Probe bestimmt werden, kann die Art des Tumors genau diagnostiziert werden.

   Insbesondere ermöglicht das Vorhandensein eines oder mehrerer spezifischer Proteine die Diagnostizierung einer bestimmten Art von Tumor.
Osteosarkom wird vorzugsweise diagnostiziert, wenn das Vorhandensein des Tumor-Rejection-Antigens (gp96) 1 in der Probe festgestellt wird.
Das Tumor-Rejection-Antigen (gp96) 1 wird nur in Osteosarkom-Zellen exprimiert, und daher ermöglicht die Expression dieses Marker-Proteins seine zweifelsfreie Identifizierung.

   Natürlich kann dieses Protein alleine oder in Kombination mit anderen Marker-Proteinen bestimmt werden.
Vorzugsweise kann Osteosarkom diagnostiziert werden, wenn weiters das Vorhandensein von Hitzeschock-Protein HSP90-beta, Endoplasmin, Hitzeschock-70 kDa-Protein 1, Mitochondrien-Stress70-Protein, 78 kDa Glucose-reguliertem Protein, HitzeschockCH Eh^M i verwandtem 71 kDa-Protein, Mitochondrien 60 kDa-HitzeschockProtein, T-Komplex-Protein 1-alpha-Untereinheit , T-KomplexProtein 1-beta-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-gamma-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-epsilon-üntereinheit , T-KomplexProtein 1-zeta-Untereinheit, Protein-Disulfid-Isomerase A3 und/oder Protein-Disulfid-Isomerase A6 in der Probe festgestellt wird.
Die kombinierte Bestimmung dieser Marker-Proteine ergibt ein noch stärkeres Werkzeug zur Identifizierung von Osteosarkom.

   Natürlich müssen nicht alle dieser Marker-Proteine für eine genaue Diagnose des Osteosarkoms bestimmt werden. In der Praxis kann auch die Bestimmung einiger dieser Marker-Proteine ausreichen, um eine Diagnose zu ermöglichen, wenn die zu bestimmenden Proteine ausgewählt werden, um eine zweifelsfreie Identifizierung zu ermöglichen. Tabelle 1 zeigt die Protein-Expressions-Profile von Tumorzellen, die die in der vorliegenden Erfindung offenbarten Marker-Proteine exprimieren.

   Auf der Basis dieser Tabelle können Osteosarkom sowie alle anderen hierin erwähnten Tumorarten auf genaue Weise diagnostiziert werden.
Gemäss einer anderen bevorzugten Ausführungsform wird Knochenmark-Neuroblastom diagnostiziert, wenn die Anwesenheit von DnaJ-Homolog-Unterfamilie A-Mitglied 2 in der Probe festgestellt wird.
Ausserdem kann auch die Anwesenheit von Hitzeschock-Protein HSP90-beta, Endoplasmin, Mitochondrien-Hitzeschock-Protein 75 kDa, Hitzeschock-verwandtem 70 kDa-Protein 2, Hitzeschock70 kDa-Protein 4, Mitochondrien-Stress-70-Protein, 78 kDa Glucose-reguliertem Protein, Hitzeschock-verwandtem 71 kDa-Protein, Mitochondrien 60 kDa-Hitzeschock-Protein, T-Komplex-Protein 1alpha-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-beta-Untereinheit, TKomplex-Protein 1-gamma-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-zetaUntereinheit, hypothetischem Protein,

   das zu 96% homolog ist mit der Isoform von T-Komplex Protein 1-epsilon-Untereinheit, DnaJHomolog der Unterfamilie B-Mitglied 11, Protein-Disulfid-Isomerase A3, Peptidyl-prolyl-cis-trans-Isomerase A, Stress-induziertem Phosphoprotein 1, FK506-bindendem Protein 4, Hitzeschock-27 kDa-Protein, endoplasmatischem Retikulum-Protein Erp29, Prefoldin-Untereinheit 2 und/oder Aktivator von 90 kDaHitzeschock-Protein ATPase-Homolog 1 in der Probe bestimmt werden, um die Diagnose von Knochenmark-Neuroblastom zu ermögli-
NACHGEREICHT chen.
Gemäss einer bevorzugten Ausführungsform der vorliegenden Erfindung wird colorektales Karzinom diagnostiziert, wenn das Vorhandensein von Hitzeschock-Protein HSP 90-alpha, HitzeschockProtein HSP 90-beta, Endoplasmin, Hitzeschock 70 kDa-Protein 1, Mitochondrien-Stress-70-Protein, 78 kDa-Glucose-reguliertem Protein, Hitzeschock-verwandtem 71 kDa-Protein,

   Mitochondrien60 kDa-Hitzeschock-Protein, T-Komplex-Protein 1 alpha-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1 beta-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1 gamma-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1 epsilonUntereinheit, T-Komplex-Protein 1 zeta-Untereinheit , hypothetischem Protein, das zu 96% homolog mit der Isoform der T-Komplex-Protein 1 epsilon-Untereinheit ist, Protein-DisulfidIsomerase A3, Stress-induziertem Phosphoprotein 1 und Hitzeschock-27 kDa-Protein in der Probe festgestellt wird.
Eierstock-Adenokarzinom wird vorzugsweise diagnostiziert, wenn das Vorhandensein von Mitochondrien-Hitzeschock-Protein 75 kDa, Hitzeschock-Protein 105 kDa, Mitochondrien-Stress-70Protein, 78 kDa-Glucose-reguliertem Protein, Hitzeschockverwandtem 71 kDa-Protein, Mitochondrien 60 kDa-HitzeschockProtein, T-Komplex-Protein 1-alpha-Untereinheit , T-KomplexProtein 1-beta-Untereinheit,

   T-Komplex-Protein 1-zeta-Untereinheit, Protein-Disulfid-Isomerase, Protein-Dislufid-Isomerase A3 und Stress-induziertem Phosphoprotein 1 in der Probe festgestellt wird.
Gemäss einer anderen bevorzugten Ausführungsform der vorliegenden Erfindung wird Lungen-Karzinom diagnostiziert, wenn das Vorhandensein von DnaJ-Homolog-Unterfamilie A-Mitglied 1 in der Probe festgestellt wird.
Weiters wird Lungen-Karzinom diagnostiziert, wenn zusätzlich das Vorhandensein von Hitzeschock-Protein HSP 90-alpha, Endoplasmin, Mitochondrien-Hitzeschock-Protein 75 kDa, Hitzeschock70 kDa-Protein 1, Hitzeschock-70 kDa-Protein 4, MitochondrienStress-70-Protein, 78 kDa-Glucose-reguliertem Protein, Hitzeschock-verwandtem 71 kDa-Protein, Mitochondrien 60 kDa-Hitzeschock-Protein, T-Komplex-Protein 1 alpha-Untereinheit, TKomplex-Protein 1 beta-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1 gammaUntereinheit,

   T-Komplex-Protein 1 epsilon-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1 zeta-Untereinheit, hypothetischem Protein, das zu 96% homolog mit der Isoform der T-Komplex-Protein 1 epsilon-Un
 <EMI ID=9.1> 

NACHGEREICHT I tereinheit ist, DnaJ-Homolog-Unterfamilie B-Mitglied 11, Protein-Disulfid-Isomerase, Protein-Disulfid-Isomerase A3, ProteinDisulfid-Isomerase A6, Peptidyl-Prolyl-cis-trans-Isomerase A, Stress-induziertem Phosphoprotein 1, FK506-bindendem Protein 4, Hitzeschock-27 kDa-Protein, endoplasmatischem Retikulum-Protein Erp29 und/oder molekularem Chaperon-Regulator-2 der BAG-Familie in der Probe festgestellt wird.
Akute Promyelozyten-Leukämie wird vorzugsweise diagnostiziert, wenn das Vorhandensein von Hitzeschock-70 kDa-Protein 8 und/oder HSPC015 in der Probe festgestellt wird.
Gemäss einer bevorzugten Ausführungsform wird akute Promyelozyten-Leukämie diagnostiziert,

   wenn weiters das Vorhandensein von Hitzeschock-Protein HSP90-beta, Endoplasmin, Hitzeschock-
70 kDa-Protein-1, Hitzeschock 70 kDa-Protein 4, MitochondrienStress-70-Protein, 78 kDa Glucose-reguliertem Protein, Hitzeschock-verwandtem 71 kDa-Protein, Mitochondrien 60 kDa-Hitzeschock-Protein, T-Komplex-Protein 1-alpha-Untereinheit, TKomplex-Protein 1-beta-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-gammaUntereinheit, T-Komplex-Protein 1-zeta-Untereinheit, hypothetischem Protein, das zu 96% homolog mit der Isoform von T-Komplex-Protein 1-epsilon-Untereinheit ist, Protein-DisulfidIsomerase, Protein-Disulfid-Isomerase A3, Protein-DisulfidIsomerase A6, Peptidyl-Prolyl-cis-trans-Isomerase A, Stress-induziertem Phosphoprotein 1, hsc70-interagierendem Protein,

   FK506-bindendem Protein 4 und Hitzeschock-27 kDa-Protein in der Probe festgestellt wird.
Gemäss einer anderen bevorzugten Ausführungsform der vorliegenden Erfindung wird ein malignes Hautmelanom diagnostiziert, wenn das Vorhandensein von Hitzeschock-Protein HSP90beta, Endoplasmin, Mitochondrien-Hitzeschock-Protein 75 kDa, Hitzeschock 70 kDa-Protein 1, Mitochondrien-Stress-70-Protein, 78 kDa Glucose-reguliertem Protein, Hitzeschock-verwandtem
71 kDa-Protein, Mitochondrien 60 kDa-Hitzeschock-Protein, T-Komplex-Protein 1-alpha-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-beta-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-gamma-Untereinheit, T-KomplexProtein 1-zeta-Untereinheit, hypothetischem Protein, das zu 96% homolog ist mit der Isoform der T-Komplex-Protein 1-epsilon-Untereinheit, Protein-Disulfid-Isomerase A3, Protein-DisulfidIsomerase A6, Peptidyl-Prolyl-cis-trans-Isomerase A,

   Stress-induziertem Phosphoprotein 1, hsc70-interagierendem Protein,
» NACHGEREICHT 
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pha, Hitzeschock-Protein HSP90-beta, Endoplasmin, MitochondrienHitzeschock-Protein 75 kDa, 78 kDa-Glucose-reguliertem Protein, Hitzeschock-verwandtem 71 kDa-Protein, Mitochondrien-60 kDaHitzeschock-Protein, T-Komplex-Protein 1-alpha-Untereinheit , TKomplex-Protein 1-beta-Untereinheit , T-Komplex-Protein 1-gammaUntereinheit, T-Komplex-Protein 1-epsilon-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1 zeta-Untereinheit, DnaJ-Homolog-Unterfamilie BMitglied 11, Protein-Disulfid-Isomerase A6, Stress-induziertem Phosphoprotein 1, Hitzeschock-27 kDa-Protein, endoplasmatischem Retikulum-Protein Erp29, Prefolding-Untereinheit 2,

   Aktivator von 90 kDa-Hitzeschock-Protein ATPase-Homolog 1 und molekularem Chaperon-Regulator-2 der BAG-Familie in der Probe festgestellt wird.
Die vorliegende Erfindung umfasst auch ein Set zum Bestimmen des Vorhandenseins von mindestens einem Protein in einer Probe, wobei das mindestens eine Protein ausgewählt ist aus der Gruppe bestehend aus mindestens einer Protein-Familie ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus der Hitzeschock-Protein-90-Familie, der Hitzeschock-Protein-70-Familie, der TCP-l/cpn60-Chaperonin-Familie, der DnaJ-Familie und der Thioredoxin-Familie, und/oder mindestens einem Protein ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus Peptidyl-Prolyl-cis-trans-Isomerase A, Stress-induziertem Phosphoprotein 1, hsc70-interagierendem Protein, FK506-bindendem Protein 4, Hitzeschock-27 kDa-Protein, endoplasmatischem Retikulum-Protein Erp29, Prefoldin-Untereinheit 2,

   Prefoldin-Untereinheit 3, Aktivator des 90 kDa-Hitzeschock-Protein-ATPaseHomologs 1, molekularem Chaperon-Regulator-2 der BAG-Familie, Mitochondrien-GrpE-Protein-Homolog 1 und HSPC015, wobei das Set umfasst eine Probe oder einen Probenbehälter,
Mittel zur Detektion der mindestens zwei Proteine, insbesondere Antikörper, welche die Proteine spezifisch erkennen, und
Mittel zum Bestimmen der Menge der detektierten Proteine.

   Das vorliegende Set enthält vorzugsweise als Mittel zur Detektion des mindestens einen Proteins und als das Mittel zum Bestimmen der Menge der detektierten Proteine konjugierte, vorzugsweise markierte, Antikörper, insbesondere radioaktiv oder Fluoreszenz-markierte Antikörper .
Vorzugsweise sind die Mittel zur Detektion des mindestens einen Proteins an einer festen Oberfläche immobilisiert, ,
NACHGEREICHT Die vorliegende Erfindung umfasst auch ein Set zum Bestimmen des Vorhandenseins der mRNAs mindestens eines Proteins in einer Probe, wobei das mindestens eine Protein ausgewählt ist aus der Gruppe bestehend aus mindestens einer Protein-Familie ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus der Hitzeschock-Protein-90-Familie, der Hitzeschock-Protein-70-Familie, der TCP-l/cpn60-ChaperoninFamilie, der DnaJ-Familie und der Thioredoxin-Familie,

   und/oder mindestens einem Protein ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus Peptidyl-Prolyl-cis-trans-Isomerase A, Stress-induziertem Phosphoprotein 1, hsc70-interagierendem Protein, FK506-bindendem Protein 4, Hitzeschock-27 kDa-Protein, endoplasmatischem Retikulum-Protein Erp29, Prefoldin-Untereinheit 2, Prefoldin-Untereinheit 3, Aktivator des 90 kDa-Hitzeschock-Protein-ATPaseHomologs 1, molekularem Chaperon-Regulator-2 der BAG-Familie, Mitochondrien-GrpE-Protein-Homolog 1 und HSPC015, wobei das Set umfasst eine Probe oder einen Probenbehälter,
Mittel zur Detektion der mRNAs des mindestens einen Proteins, insbesondere komplementäre Nukleinsäuren oder Primer, welche die mRNAs amplifizieren,

   und
Mittel zum Bestimmen der Menge der detektierten mRNAs.
Vorzugsweise enthält das Set gemäss der vorliegenden Erfindung als Mittel zur Detektion der mRNAs des mindestens einen Proteins und als Mittel zum Bestimmen der Menge der detektierten mRNAs konjugierte, vorzugsweise markierte, Nukleinsäuren, insbesondere radioaktiv oder Fluoreszenz-markierte Nukleinsäuren.
Vorzugsweise sind die Mittel zur Detektion der mRNAs des mindestens einen Proteins an einer festen Oberfläche immobilisiert.
Die Sets gemäss der vorliegenden Erfindung können gemäss Standard-Protokollen, die an die neuen Tumor-Marker, die durch die vorliegende Erfindung vorgesehen sind, adaptiert sind, hergestellt und entworfen sein.
Gemäss einem anderen Aspekt sieht die vorliegende Erfindung ein Verfahren zur Diagnostizierung von Tumoren durch Verwendung von Referenz-Karten (reference maps, RMs) ,

   insbesondere Chaperon-Referenz-Karten (chaperone reference maps, CRMs) , vor. RMs oder CRMs sind als zweidimensionale Gel-Elektrophorese (Chaperon) -Expressionsmuster definiert, die vorzugsweise mittels Massenspektroskopie (MALDI-MS) verifiziert sind. Unter
NACHGEREICHT Verwendung dieser Expressions-Karten kann ein Tumor leicht identifiziert werden, beispielsweise durch Verwendung von Standard- oder gesunden Vergleichs-RMs oder CRMs. Es zeigte sich, dass insbesondere CRMs (Chaperone inkludieren KS-Proteine gemäss der vorliegenden Erfindung) selbst ohne Vergleichs-CRMs, ein<" ">besonderes "fingerprinting" für spezifische Tumoren vorsehen.

   Vorzugsweise enthalten die RMs oder CRMs mindestens 10, mindestens 20, mindestens 30, mindestens 40, mindestens 50, mindestens 60, mindestens 70, mindestens 80, mindestens 90 oder mindestens 100 verschiedene Chaperone (oder Tumor-Marker in RMs) , insbesondere ausgewählt aus den hierin offenbarten spezifischen MarkerProteinen. Beispiele für die CRMs gemäss der vorliegenden Erfindung sind die beigefügten 2-D-Gel-Elektrophorese-Muster, vorzugsweise in Kombination mit den (MALDI-) MS-Daten (z.B. in den Tabellen) . Solche CRMs können für die Tumor-Diagnose verwendet werden.

   Natürlich beginnen alle Diagnose-Methoden gemäss der vorliegenden Erfindung mit der vorgesehenen Körperflüssigkeitsprobe oder Gewebeprobe und werden zur Gänze in vi tro durchgeführt .
Die vorliegende Erfindung ist weiters durch das folgende Beispiel und die Figuren veranschaulicht, ohne auf diese eingeschränkt zu sein.
Fig. 1 zeigt ein Coomassie-gefärbtes 2D-Gel, das die Protein-Karte der Zelllinie Saos-2 (Osteosarkom) darstellt. SwissProt Hinterlegungsnummern sind zur Identifizierung der Proteine verwendet.
Fig. 2 zeigt ein Coomassie-gefärbtes 2D-Gel, das die Protein-Karte der Zelllinie SK-N-SH (Knochenmark-Neuroblastom) darstellt. Swiss-Prot Hinterlegungsnummern sind zur Identifizierung der Proteine verwendet.
Fig. 3 zeigt ein Coomassie-gefärbtes 2D-Gel, das die Protein-Karte der Zelllinie HCT 116 (colorektales Karzinom) darstellt.

   Swiss-Prot Hinterlegungsnummern sind zur Identifizierung der Proteine verwendet.
Fig. 4 zeigt ein Coomassie-gefärbtes 2D-Gel, das die Protein-Karte der Zelllinie CaOv-3 (Eierstock-Adenokarzinom) darstellt. Swiss-Prot Hinterlegungsnummern sind zur Identifizierung der Proteine verwendet.
Fig. 5 zeigt ein Coomassie-gefärbtes 2D-Gel, das die Protein-Karte der Zelllinie A549 (Lungen-Karzinom) darstellt. Swissl
INACHGEREICHT Prot Hinterlegungsnummern sind zur Identifizierung der Proteine verwendet .
Fig. 6 zeigt ein Coomassie-gefärbtes 2D-Gel, das die Protein-Karte der Zelllinie HL-60 (akute Promyelozyten-Leukämie) darstellt. Swiss-Prot Hinterlegungsnummern sind zur Identifizierung der Proteine verwendet.
Fig. 7 zeigt ein Coomassie-gefärbtes 2D-Gel, das die Protein-Karte der Zelllinie A-375 (malignes Hautmelanom) darstellt.

   Swiss-Prot Hinterlegungsnummern sind zur Identifizierung der Proteine verwendet.
Fig. 8 zeigt ein Coomassie-gefärbtes 2D-Gel, das die Protein-Karte der Zelllinie A-673 (Rhabdomyosarkom) darstellt. SwissProt Hinterlegungsnummern sind zur Identifizierung der Proteine verwendet.
Fig. 9 zeigt ein Coomassie-gefärbtes 2D-Gel, das die Protein-Karte der Zelllinie MCF-7 (Brustkrebs) darstellt. Swiss-Prot Hinterlegungsnummern sind zur Identifizierung der Proteine verwendet.
Fig. 10 zeigt ein Coomassie-gefärbtes 2D-Gel, das die Protein-Karte der Zelllinie Heia (Gebärmutterhals-Karzinom) darstellt. Swiss-Prot Hinterlegungsnummern sind zur Identifizierung der Proteine verwendet.
BEISPIEL:
Materialien und Methoden :
Zell kultur :
Zehn verschiedene Tumor-Zelllinien wurden von der American Type Culture Collection (ATCC ) käuflich erworben .

   Die Zelllinien und ihre ATCC-Nummern sind in der folgenden Tabelle angegeben .
ATCC-Nummer Bezeichnung Gewebe
HTB-85 Saos-2 Knochen; Osteosarkom
HTB-75 CaOv-3 Eierstock; Adenokarzinom Gehirn; Metastasen-Stelle : Knochenmark-
HTB-11 SK-N-SH Neuroblastom
CCL-247 HCT116 Colon; colorektales Karzinom
CCL-185 A549 Lunge; Karzinom
CCL-240 HL-60 peripheres Blut ; Promyeloblast ; akute Promyelozyten-Leukämie
 <EMI ID=15.1> 
CRL-1619 A-375 Haut; malignes Melanom
HTB-85 Saos-2
HTB-75 CaOv-3
HTB-11 SK-N-SH
CCL-247 HCT116
CCL-185 A549
CCL-240 HL-60

 <EMI ID=15.1> 
CRL-1619 A-375
I N[Delta]CHGEREICHT I ATCC-Num er Bezeichnung Gewebe
CRL-1598 HTB-22
CCL-2
A-673 MCF-7
Heia
Muskel; Rhabdomyosarkom
Mamma; Brust; Epithel; Metastasen-Stelle:
Pleuraerguss-Adenokarzinom
Gebärmutterhals; Epithel;

   Adenokarzinom
SK-N-SH (Knochenmark-Neuroblastom) und Heia (Gebärmutterhals-Karzinom) -Zelllinien wurden in minimalem essentiellem Medium (Eagle) mit 2 mM L-Glutamin und Earle ' s Basic Salt Solution (BSS) , das so eingestellt war, dass es 1,5 g/1 Natriumbicarbonat, 0,1 mM nicht-essentielle Aminosäuren und 1,0 mM Natriumpyruvat, mit 10% fötalem Rinderserum (FBS) enthielt, gezüchtet. Dieselben Bedingungen wurden zum Züchten der MCF-7Zelllinie verwendet, ausser dass 10% FBS durch 90% 0,01 mg/ml Rinder-Insulin ersetzt wurde. HCT 116 (colorektales Karzinom) und Saos-2 (Osteosarkom) -Zellinie wurden in McCoy's 5a Medium mit 90% 1,5 mM L-Glutamin und 10% FBS gezüchtet. HamÄs F12K-Medium mit 2 mM L-Glutamin, so eingestellt, dass es 1,5 g/1 Natriumbicarbonat und 10% FBS enthielt, wurden für die A549 (LungenKarzinom) -Zellkultur verwendet.

   HL-60 (akute Promyelozyten-Leukämie) -Zellen wurden mit Iscove's modifiziertem Dulbecco's Medium mit 4 mM L-Glutamin gezüchtet, das so eingestellt war, dass es 80% 1,5 g/1 Natriumbicarbonat und 20% FBS enthielt. A-673 (Rhabdomyosarkom)-, Caov-3 (Eierstock-Adenokarzinom) - und A-375 (maligne Melanom) -Zelllinien wurden in DMEM mit 4 mM L-Glutamin gezüchtet, das so eingestellt war, das es 1,5 g/1 Natriumbicarbonat und 4,5 g/1 Glucose mit 10% FBS enthielt.
Alle Zellkulturen wurden in einer angefeuchteten Atmosphäre von 5% (V/V) C02in Luft bei 37 [deg.]C gehalten und logarithmisch wachsende Zellen wurden durch Trypsinisierung geerntet.
Probenvorbereitung :
Geerntete Zellen wurden drei Mal mit 10 ml PBS (Phosphat-gepufferte Kochsalzlösung) (Gibco BRL, Gaithersburg, MD, USA) gewaschen und 10 min lang mit 8000 g bei Raumtemperatur zentrifugiert .

   Der Überstand wurde verworfen, und das Pellet wurde in 1,0 ml Proben-Puffer bestehend aus 40 mM Tris, 7 M Harnstoff (Merck, Darmstadt, Deutschland) , 2M Thioharnstoff (Sigma, St. Louis, MO, USA), 4% CHAPS (3- [ (3-Cholamidopropyl) dimethylammonium] -1-propansulfonat) (Sigma, St. Louis, MO, USA),
I [Delta]r.HftFRt=lCHT 65 mM 1, 4-Dithioerythritol (Merck, Deutschland), 1 mM EDTA (Ethylendiamintetraessigsäure) (Merck, Deutschland) , ProteaseHemmern komplett (Röche, Basel, Schweiz) und 1 mM Phenylmethylsulfonylfluorid (PMSF) suspendiert. Die Suspension wurde etwa 30 Sekunden lang mit Ultraschall behandelt. Nach dem Homogenisieren wurden die Proben 1 h lang bei Raumtemepratur belassen und mit 14.000 U/min 1 h lang zentrifugiert . Der Überstand wurde in eine Ultrafree-4 zentrifugen-Filtereinheit (Millipore, Bedford, MA) zum Entsalzen und Konzentrieren von Proteinen transferiert.

   Der Protein-Gehalt des Überstands wurde mit dem Bradford-Protein-Testsystem quantifiziert [25] . Die Standard-Kurve wurde unter Verwendung von Rinderserumalbumin erzeugt, und die Absorption wurde bei 595 n gemessen. Zweidimensionale Gel-Elektrophorese (2-DE) : Proben, die von jeder Zelllinie hergestellt worden waren, wurden wie an anderer Stelle [26] beschrieben, einer 2-DE unterzogen. 1 mg Protein wurde auf immobilisierte, pH 3-10 nichtlineare Gradienten-Streifen in Probenschalen an ihren basischen und sauren Enden aufgetragen. Die Fokussierung begann bei 200 V, und die Spannung wurde allmählich auf 5000 V mit einer Geschwindigkeit von 3 V/min gesteigert und danach weitere 24 h lang konstant gehalten (etwa 180.000 Vh insgesamt).

   Nach der ersten Dimension wurden Streifen (18 cm) 15 min lang im Puffer, der 6 M Harnstoff, 20% Glycerin, 2% SDS, 2% DTT (Dithiothreitol) enthielt, und danach 15 min lang im selben Puffer, der 2,5% Iodacetamid anstelle von DTT enthielt, äquilibriert . Nach dem Äquilibrieren wurden die Streifen auf 9-16% Gradienten-NatriumDodecylsulfat-Polyacrylamid-Gele zur Trennung in der zweiten Dimension geladen. Die Gele (180 x 200 x 1,5 mm) wurden bei 40 mA pro Gel laufen lassen. Sofort nach dem Lauf der zweiten Dimension wurden die Gele 18 h lang in 50% Methanol, das 10% Essigsäure enthielt, fixiert, die Gele wurden mit kolloidalem Coomassie-Blau (Novex, San Diego, CA) 12 h lang auf einem Rocking Shaker gefärbt. Die Molekularmassen wurden durch Laufenlassen von Standard-Protein-Markern (Biorad Laboratories, Hercules, CA) , die den Bereich 10-250 kDa abdeckten, bestimmt.

   Die pl- erte wurden verwendet, wie vom Hersteller der immobilisierten pH-Gradienten-Streifen angegeben (Amersham Bioscience, Uppsala, Schweden) . Überschüssige Farbe wurde mit destilliertem Wasser aus den Gelen ausgewaschen, 'in ^<o>G[deg.]le
NACHGEREICHT wurden mit dem ImageScanner (Amersham Bioscience) gescannt.

   Die elektronischen Bilder der Gele wurden unter Verwendung von Adobe Photoshop und Microsoft Power Point Software aufgezeichnet.
Matrix-unterstützte Laser-Desorption-Ionisations-Massenspektrometrie:
Spots wurden mit einem Spot-Picker (PROTEINEER sp(TM), Bruker Daltonics, Deutschland) herausgeschnitten, in Mikrotiter-Platten mit 96 Vertiefungen platziert, und ein In-Gel-Verdau und die Proben-Zubereitung für die MALDI-Analyse wurden mit einem automatisierten Verfahren durchgeführt (PROTEINEER dp(TM), Bruker Daltonics) [27, 28], Kurz gesagt, es wurden Spots ausgeschnitten und mit 10 mM Ammoniumbicarbonat und 50% Acetonitril in 10 mM Ammoniumbicarbonat gewaschen. Nach dem Waschen wurden die GelPfropfen durch Zugabe von Acetonitril geschrumpft und durch Ausblasen der Flüssigkeit durch den durchstochenen Boden der Vertiefung getrocknet.

   Die getrockneten Gel-Stücke wurden mit 40 ng/[mu]l Trypsin (Röche Diagnostics, Penzberg, Deutschland) in Enzympuffer (bestehend aus 5 mM Octyl-ss-D-Glucopyranosid (OGP) und 10 mM Ammoniumbicarbonat) wieder gequollen und 4 h lang bei 30[deg.]C inkubiert. Die Peptid-Extraktion wurde mit 10 [mu]l 1% TFA in 5 mM OGP vorgenommen. Die extrahierten Peptide wurden direkt auf ein Ziel (AnchorChip(TM), Bruker Daltonics) aufgebracht, das mit [alpha]Cyano-4-hydroxy-zimtsäure (CHCA) (Bruker Daltonics) -Matrix-Dünnschicht beladen war. Das bei dieser Arbeit verwendete Massenspektrometer war ein Ultraflex(TM) TOF/TOF (Bruker Daltonics) , das im Reflektor für MALDI-TOF-Peptid-Massen-Fingerabdruck (PMF) oder im LIFT-Modus für MALDI-TOF/TOF mit einem vollkommen automatisierten Modus unter Verwendung der FlexControl(TM)-Software betrieben wurde.

   Eine beschleunigende Spannung von 25 kV wurde für PMF verwendet. Die Eichung des Instruments erfolgte extern mit [M+H]<+>-Ionen von Angiotensin I, Angiotensin II, Substanz P, Bombesin und adrenocorticotropen Hormonen (Clip 1-17 und Clip 18-39) . Jedes Spektrum wurde durch Ansammeln von Daten von 200 aufeinander folgenden Laser-Beschüssen erzeugt. Jene Proben, die mittels PMF von MALDI-TOF analysiert wurden, wurden zusätzlich unter Verwendung von LIFT-TOF/TOF MS/MS vom selben Ziel analysiert. Ein Maximum von drei Vorläufer-Ionen pro Probe wurde für die MS/MS-Analyse gewählt. Im TOFl-Stadium wurden alle Ionen auf 8 kV unter Bedingungen beschleunigt, die eine metastabile Fragmentierung fördern.

   Nach der Selektion von gemeineam
NACHGEREICHT wandernden Stamm- und Fragment-Ionen in einem getimeten IonenGatter wurden die Ionen mittels 19 kV auf hohe Potential-Energie in der LIFT-Zelle angehoben. Nach weiterer Beschleunigung der Fragment-Ionen in der zweiten Ionenquelle konnten ihre Massen gleichzeitig im Reflektor mit hoher Empfindlichkeit analysiert werden. Die PMF- und LIFT-Spektren wurden mit der Mascot-Software (Matrix Science Ltd, London, UK) interpretiert. DatenbankAbfragen, durch Mascot, unter Verwendung von kombinierten PMFund MS/MS-Daten-Sätzen wurden über die BioTools 2.2-Software (Bruker) durchgeführt. Eine Massentoleranz von 100 ppm und 2 fehlende Schnittstellen für PMF und MS/MS-Toleranz von 0,5 Da und 1 fehlende Schnittstelle für die MS/MS-Suche wurden gestattet, und die Oxidation von Methionin-Resten wurde in Betracht gezogen.

   Die von der Software errechnete Wahrscheinlichkeits-Bewertung wurde als Kriterium für die korrekte Identifizierung verwendet.
Der zur Bestimmung der Wahrscheinlichkeit einer falsch positiven Übereinstimmung mit einem gegebenen Massenspektrum verwendete Algorithmus ist an anderer Stelle [29] beschrieben.
Ergebnisse
Eine Reihe von Chaperon-Proteinen mit verschiedenen Expressionsmustern in zehn verschiedenen Tumor-Zelllinien unter Verwendung von 2-DE und MALDI-MS wurde identifiziert und in Tabelle 1 angeführt. Chaperon-Proteine wurden gemäss ihren Domänen klassifiziert. Die meisten Proteine haben ähnliche plWerte und Molekulargewichte mit theoretischem Wert. Der beobachtete pJ und das Molekulargewicht sind in Tabelle 2 mit der Gesamtbewertung und der Anzahl an übereinstimmenden Peptiden dargestellt.

   Die Expressionsmuster jeder Tumor-Zelllinie sind in den Fig. 1 bis 10 gezeigt.
Proteine mit HATPase_C und HSP90-Domänen:
Prominente Mitglieder der HSP90-Protein-Familie sind Hitzeschock-Protein 90-alpha (HSP90 ) , Hitzeschock-Protein 90-beta (HSP90ss) und Endoplasmin (GRP94) [30]. Die beiden HSP90-Isoformen sind für die Lebensfähigkeit eukaryontischer Zellen wesentlich. Sie sind konstitutiv ziemlich reichlich vorhanden und machen 12% der cytosolischen Proteine aus, und ihre Expressionsmenge kann durch Stress weiter stimuliert werden. HSP90[alpha] und HSP90ss wurden in HTC116- und Heia-Zellen exprimiert . Ausserdem wurde HSP900C auch in A-673- MCF-7- und A549-Zelllinien nachgewiesen, und
NACHGEREICHT HSP90ss in Saos-2-, SK-N-SH-, HL-60- bzw. A375-Zelllinien. Die Isoform von HSP90ss (Hinterlegungs-Nr .

   Q9NTK6) wurde ebenfalls in der A-673-Zelle nachgewiesen und in Fig. 8 dargestellt.
Alle Zelllinien, ausser den Adenokarzinom-Zellen (CaOv-3) exprimierten Endoplasmin (GRP94 ) -Protein, welches im endoplasmatischen Reticulum [31] wirkt, und das dem Tumor-Rejection-Antigen ähnliche Protein wird in den in Fig. 1 dargestellten Osteosarkom(Saos-2) -Zelllinien beobachtet.
Hitzeschock-Protein 75-kDa wird Tumor-Nekrosefaktor Typ 1Rezeptor-assoziertes Protein oder TRAPl genannt. Die 2,4 Kilobasen-TRAP-1-mRNA wurde in Skelettmuskel, Leber, Herz, Gehirn, Niere, Pancreas, Lunge und Placenta variabel exprimiert. TRAP-1mRNA wurde auch in jeder von acht verschiedenen transformierten Zelllinien nachgewiesen [32] .

   Auf Protein-Ebene wurde es bei Eierstock (CaOv-3) -, Lungen (A549) -, Haut (A-375) -, Rhabdomyosarkom (A-673)-, Brustkrebs (MCF-7) - und Gebärmutterhals-Karzinom (Heia) Zellen exprimiert.
Proteine mit HSP70-Domäne:
Die HSP70-Familie stellt die am meisten konservierte und am besten untersuchte Klasse von HSPs dar. Humane Zellen enthalten mehrere Mitglieder der HSP70-Familie, einschliesslich Stress-induzierbares HSP70, konstitutiv exprimiertes HSC70, Mitochondrien-HSP75 und GRP78, das im endoplasmatischen
Reticulumlokalisiert ist [33] . Es zeigte sich, dass HSP70 die Tumorgenität von Krebszellen in Nager-Modellen erhöht [13] . Alle zehn Tumor-Zellen exprimierten HSC70-Proteine, und die Isoform von HSC70 fand man auch in Promyeloblasten (HL-60) .
Das 105 kDa-Protein ist dem HSP90 bei der Peptid-Kartierung mit Trypsin-Verdau sehr ähnlich.

   Ausser der Molekülmasse sind die physikalisch-chemischen Eigenschaften des 105 kDa-Proteins ähnlich jenen des HSP90, obwohl es keine HSP70-Domäne hat. Es wird im Gehirn nachgewiesen, jedoch nicht in Leber, Lunge, Milz, Niere, Eierstock oder Uterus, im Gegensatz zur weiten Verbreitung von HSP90 [34] . Im Falle von Tumorzellen wurde es bei Adenokarzinom(Ca0v-3) -, Rhabdomyosarkom (A-673) -, Brustkrebs (MCF7)- und Gebärmutterhals-Karzinom (Heia) -Zellen beobachtet und ist in Fig. 4, 8, 9 und 10 gezeigt.
HSP70 kDa-Protein 1 (HSP70-1) stabilisiert präexistente Proteine gegen eine Aggregierung und vermittelt die Faltung von neu translatierten Polypeptiden im Cytosol sowie in den
M[Delta]riw PRPir. T Organellen. HSP70-1 spielt in Mitochondrien und im endoplasmatischen Reticulum eine zusätzliche Rolle, indem es eine treibende Kraft für Protein-Translokation liefert.

   Sie spielen bei den Signalleitungsbahnen zusammen mit HSP90 eine Rolle und sind an all diesen Prozessen durch ihre Fähigkeit, nicht-native Konformationen anderer Proteine zu erkennen, beteiligt. Acht Zelllinien, ausser SK-N-SH und CaOv-3-Zellen, exprimierten HSP701.
Das Hitzeschock-70 kDa-Protein-4 wurde bei SK-N-SH-, HL-60und A-673-Zellen beobachtet und ist in den Fig.

   2, 6 und 10 dargestellt .
Es wurde vorgeschlagen, dass das Stress-70-Protein (GRP75) in der Steuerung der Zeilproliferation und Zellalterung impliziert ist [35], und es wurde bei acht Zelllinien, ausser MCF7- und Heia-Zellen, beobachtet.
Das Hitzeschock-verwandte 70 kDa-Protein 2 und das 150 kDa Sauerstoff-regulierte Protein wurden in SK-N-SH- und MCF-7Zellen nachgewiesen.
Das am besten charakterisierte der GRPs ist ein 78 kDaProtein, das als GRP78 bekannt ist, welches mit dem BiP, dem die schwere Kette von Immunglobulin bindenden Protein ( "immunoglobulin heavy chain binding protein") identisch ist [36] . Da GRP78 eine ähnliche Funktion und eine 60% Aminosäure-Homologie mit HSP70 gemeinsam hat [37] , wird es auch in die Kategorie der HSP70-Multi-Gen-Familie [38] einbezogen.

   GRP78 / BiP-Protein wurden bei allen zehn Tumor-Zellen exprimiert.
Proteine mit Cpn60_TCPl-Domäne:
Proteine mit einer Cpn60_TCPl-Domäne sind an den Chaperoninen beteiligt, die zur 55-64 kDa-Familie von HSP oder Stress-Proteinen gehören [39]. Säuger-HSP[delta]O, das auch Chaperonin genannt wird, ist vor allem in der Mitochondrien-Matrix enthalten, obwohl es auch an extramitochondrialen Stellen nachgewiesen wurde. HSP60 ist an der Faltung von Mitochondrien-Proteinen beteiligt und erleichtert den proteolytischen Abbau von falsch gefalteten oder denaturierten Proteinen in ATP-abhängiger Weise. Die Chaperon-Funktion von HSP60 wird von SHP10 reguliert, welches an HSP60 bindet und die Substrat-Bindung und ATPase-Aktivität reguliert [40].

   Bei dieser Untersuchung exprimierten alle Zellen ausser MCF-7 60-kDa-Hitzeschock-Protein, MitochondrienPräkursor .
NACHGEREICHT Das Chaperonin-hältige T-Komplex-Polypeptid hat viele Untereinheiten. Von diesen wurden alpha, beta, gamma, epsilon und zeta-Einheiten sowie die Isoform der epsilon-Untereinheit in 2DE-Gelen dieser Untersuchung gezeigt. Insbesondere fand man TKomplex-Protein 1, zeta-Untereinheit bei allen zehn TumorZelllinien.
Proteine mit DnaJ- und DnaJ_C-Domänen:
Unter zahlreichen Co-Chaperonen für HSC70 [41] ist die DnaJFamilie eine wesentliche Gruppe. Die humane DnaJ (HSP40) -Familie [42] ist ein nicht-anerkanntes Mitglied von DnaJ, dem die ZinkFinger-Domäne fehlt. DnaJ-Homolog-Unterfamilie A-Mitglied 1 und 2 wurden in A549- bzw.

   SK-N-SH-Zelllinien nachgewiesen, und DnaJ-Homolog-Unterfamilie B-Mitglied 11 fand man auch bei SK-NSH-, A549- und Heia-Zellen (Fig. 2, 5 und 10) .
Die Proteine mit Thioredoxin-Domäne :
Protein-Disulfid-Isomerase, Protein-Disulfid-A3 und A6, die 2 Thioredoxin-Domänen enthalten, sind Mitglieder der Protein-Disulfid-Isomerase-Familie und ordnen sowohl Intra-Ketten- als auch Inter-Ketten-Disulfid-Bindungen in Proteinen um, um die nativen Strukturen zu bilden. Protein-Disulfid-Isomerase wurde in CaOv-3-, A549- und HL-60-Zellen exprimiert. Protein-DisulfidIsomerase A3 wurde in neun Zellen, ausser der Heia-Zelle, nachgewiesen, und Protein-Disulfid-Isomerase A6 wurde in HL-60-, A375-, A-673- und Hela-Zelllinien beobachtet.
Proteine mit TPR-Domäne:
Stress-induziertes Phosphoprotein 1, das 9 TPR-Domänen aufweist, wurde in allen Zelllinien ausser der Saos-2-Zelle exprimiert.

   Hsc70-interagierendes Protein mit 3 TPR-Domänen wurde in der H160- und A-375-Zelle nachgewiesen. FK506-bindendes Protein 4 hat 3 TPR-Domänen und 2FKBP_C. Dieses Protein wurde bei der SK-N-SH-, A549-, HL-60, A-375- und MCF-7-Zelle beobachtet .
Proteine mit anderen Domänen:
Hitzeschock-27kDa-Protein (HSP27) ist an der Stabilisierung von Zellskelett-Proteinen und an den Schutzmechanismen gegen oxidativen Stress beteiligt, indem es die Anhäufung ("burst") von intrazellulären reaktiven Sauerstoff-Spezies (ROS) verhindert [43] . HSP27 ist das einzige Protein, das unter kleinen Hitzeschock-Proteinen in der SK-N-SH-, HCT-, A549-, HL60-, MCF-7- und Heia-Zelle nachgewiesen wird.
NACHGEREICHT Peptidyl-prolyl-cis-trans-Isomerase A enthält eine Pro_Isomerase-Domäne und beschleunigt die Faltung von Proteinen.

   Es wurde bei SK-N-SH-, A549-, HL-60-, A-375- und A-673-Zelllinien beobachtet.
ERP29_C wurde kürzlich als neues 29 kDa-endoplasmatisches Retikulum-Protein charakterisiert, das in Rattengewebe in grossem Umfang exprimiert wird. Es spielt bei der Verarbeitung von sekretorischen Proteinen innerhalb des ER eine wichtige Rolle [44]. SK-N-SH-, A549-, A-375-, MCF-7- und Heia-Zellen exprimierten ERP29-Protein.
Prefoldin-Untereinheit 2 hat eine KE2-Domäne, doch Profoldin-Untereinheit 3 hat eine Prefoldin-Domäne . Zwei davon wurden in Heia-Zellen exprimiert, und Profoldin-Untereinheit 2 wurde auch in der SK-H-SH-Zelle nachgewiesen. Das Protein DUF704 ist ein Aktivator von 90 kDa-Hitzeschock-Protein ATPase-Homolog 1.

   Dieses Protein wurde in Knochenmark-Neuroblastom(SK-N-SH) - und (Heia) -Zellen beobachtet.
BAG-1 bindet die ATPase-Domänen von HSP70 und Hsc70, wobei es ihre Chaperon-Aktivität moduliert und als konkurrierender Antagonist des Co-Chaperons Hip fungiert. Die humanen BAG-1-, BAG-2- und BAG-3-Proteine binden mit hoher Affinität an die ATPase-Domäne von Hsc70 und inhibieren ihre Chaperon-Aktivität. Alle diese Proteine enthalten eine konservierte 45-AminosäurenRegion in der Nähe ihrer C-Termini (der BAG-Domäne) die Hsc70/HSP70 bindet, doch unterscheiden sie sich stark in ihrem N-Terminus [45] .

   Dieses Protein wurde in A549- und Heia-Zellen beobachtet.
GrpE-Protein-Homolog 1 mit der GrpE-Domäne und HSPC015 mit DcpS-Domäne wurden ausschliesslich in der A-673- und HL-60-Zelle beobachtet.
Diskussion:
Tumorzell-spezifische Muster der Chaperon- und HitzeschockProtein-Expression liefern eine Basis für die Schaffung von diagnostischen Verfahren zur Identifizierung einer bestimmten Tumor-Art .
Eine Reihe von / Ci wurden durch mehr als einen Spot präsentiert, was aus das Vorhandensein von Spleiss-Varianten oder post-translationalen Modifikationen einschliesslich Glycosylierung, Phosphorylierung, Methylierung, Oxidation und Trunkierung hindeutet.
NACHGEREICHT Von der Methodik her ist die Identifizierung von Proteinen mittels MS-MS ein sicherer Ansatz, jedoch werden natürlich auch andere Verfahren zweckmässig verwendet.
Verschiedene Antibiotika oder Fungizide,

   die verwendet werden, können sehr wohl zu Unterschieden in der CH-Expression führen, und tatsächlich wurde bereits berichtet, dass die Verwendung von Geldanamycin eine Hitzeschock-Protein-Expression im Hirngewebe induziert [46] . Andere tentative durcheinander bringende Faktoren, wie z.B. Zellzyklus-Unterschiede, Unterschiede in Wachstum und Proliferation müssen in Erwägung gezogen werden, doch wurde die CH-Expression in Zelllinien in Abwesenheit von Stressoren oder einer Stoffwechselstörung untersucht, was durch die Verwendung von Standard-Protokollen verlangt war, aus welchen toxische Wirkungen erwartet werden.

   Ausserdem wurde eine Liste von Nicht-Tumor-Zelllinien auf CH-Expression untersucht, wobei dieses Prinzip bereits angewendet wurde, sowie eine vergleichbare Analyse-Technik, und dies kann einen gewissen Vergleich zwischen Tumor- und Nicht-Tumor-Zelllinien-CH-Profilen ermöglichen [47] .
Grundlegend können Unterschiede zwischen einzelnen CH-Expressionsmustern auf verschiedene funktioneile Rollen bei einzelnen Zellen und die Anwesenheit spezifischer Proteine in den einzelnen Zelllinien zurückzuführen sein: es gibt CHs, um einzelne Protein spezifisch zu schützen, z.B. spezifisches Chaperoning von Tubulin beta 1 durch den TCP-Komplex [48] und von Procollagen durch HSP47 [49] .

   Eine unterschiedliche CH-Expression kann Tumor-biologische Merkmale einschliesslich Dignität und Karzinogenese widerspiegeln oder zu dieser führen, und das hierin angeführte Verfahren sieht die Möglichkeit und Option vor, diese Merkmale mit einer hohen Durchsatzrate zu testen. Das spezifische Wesen von Zelllinien-Mustern ist durch die Beobachtung gegeben, dass nur Hitzschock-verwandtes 71 kDa-Protein und TCPzeta-Untereinheit-Protein nicht-spezifisch in allen zehn Zelllinien exprimiert wurden.
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Tabelle 1. Identifizierte Proteine in verschiedenen humanen Tumor_Zelllinien: A. Saos-2, B. SK-N-SH, C. HCT 116, D. CaOv-3, E. A549, F. HL-60, G. A-375, H. A-673, I. MCF-7 und J.

   Heia (+ : detektiert, - : nicht-detektiert, Hinterl.-Nr. Hinterlegungs-Nummer in Swiss-Prot, abgek. Bezeichn. : abgekürzte Bezeichnung)
Hinter- abgek . Beleg.Nr . zeichn.
Protein-Bezeichnung
Domäne
A B C D E F G H I J
HSP90 / HATPas_C
P07900 HS9A HUMAN Hitzeschock-Protein HSP90-alpha
P08238 HS9B_HUMAN Hitzeschock-Protein HSP90-beta P14625 ENPL_HUMAN Endoplasmin [Präkursor]
Q12931 TRAL_HUMAN Hitzeschock-Protein 75 kDa, Mitochondrien [Präkursor]
Q9NTK6 Q9NTK6 zu 88.1% homolog mit der Isoform von HSP90-beta (DKFZp761K0511)
Q96G 1 Q96GW1 ähnlich dem Tumor-Rejection-Antigen (gp96)

   1
HATPas C
HSP90
HATPas C + +
HSP90
HATPas C + +
HSP90
HATPas C +
HSP90
HATPas C
HSP90
 <EMI ID=28.1> 
HATPase C + -
+ + +
+ +
+ +
+ + + + + + 00
HSP70
Q92598
P08107 P54652
P34932 P38646
P11021 GR78 HHUUIMAN
H105_HUMAN Hitzeschock-Protein 105 kDa
HS71_HUMAN Hitzeschock 70 kDa-Protein 1
HS72_HUMAN Hitzeschock-verwandtes 70 kDaProtein 2 HS74_HUMAN Hitzeschock 70 kDa-Protein 4
GR75_HUMAN Stress-70-Protein, Mitochondrien [Präkursor] GR78 HHUUIMAN 78 kDa Glucose-reguliertes Protein [Präkursor]
Q9UK02 BiP-Protein [Fragment] HS7C_ Hü- Hitzeschock-verwandtes -71 kDa MAN Protein
OXRP_HUMAN 150 kDa Sauerstoff-reguliertes Protein [Präkursor]
HHUUI
Q9UK02 P11142 9Y4L1
HSP70
HSP70
HSP70 HSP70
HSP70
HSP70
HSP70 HSP70
HSP70
- - + + + + + + +
+ + + + + + + +
+ + + + + + +
+
+
+ + 
Hinter- abgek .

   Beleg.Nr. zeich .
Protein-Bezeichnung ähnlich dem Hitzeschock verwandten 71-kDa-Protein
Domäne
HSP70
Cpn60_TCPl +
Cpn60_TCPl +
Cpn60_TCPl +
Cpn60_TCPl +
Cpn60_TCPl +
Cpn60_TCPl +

 <EMI ID=29.1> 
Cpn60_TCPl -
DnaJ
DnaJ
(1J, lCRdomain)
DnaJ DnaJ C
2 Thioredoxin 2 Thioredoxin 2 Thioredoxin
Pro Isomerase
B
Q96IS6 Q96IS6
Cpn60_TCPl
P10809 CH60_HUMAN
P17987 TCPA_HUMAN
P78371 TCPB_HUMAN
P49368 TCPG_HUMAN
P48643 TCPE_HUMAN
P40227 TCPZ_HUMAN
Q9BU08 Q9BU08
DnaJ
P31689 DJA1_HUMAN
060884 DJA2_HUMAN
Q9UBS4 DJBB_HUMAN
Thioredoxin
P07237 PDI_HUMAN
P30101 PDA3_HUMAN
Q15084 PDA6_HUMAN
Pro_isomerase
P05092 PPIA_HUMAN
TPR
60 kDa Hitzeschock-Protein, Mitochondrien [Präkursor] T-Komplex-Protein 1, alpha-Untereinheit
T-Komplex-Protein 1, beta-Untereinheit
T-Komplex-Protein 1, gamma-Untereinheit
T-Komplex-Protein 1, epsilon-Untereinheit
T-Komplex-Protein 1,

   zeta-Untereinheit zu 96% homolog mit der Isoform von T-Komplex-Protein 1, epsilonUntereinheit
DnaJ-Homolog-Unterfamilie A Mitglied 1
DnaJ-Homolog-Unterfamilie A Mitglied 2
DnaJ-Homolog-Unterfamilie B Mitglied 11 [Präkursor]
Protein-Disulfide-Isomerase [Präkursor]
Protein-Disulfid-Isomerase A3 [Präkursor]
Protein-Disulfid-Isomerase A6 [Präkursor]
Peptidyl-prolyl-cis-trans- Isomerase A
+ +
+ +
+ +
+ + + + 
Hinter- abge .

   Beleg.Nr. zeich .
Protein-Bezeichnung
Domäne
9 TPR
3 TPR
2 FKBP_C
3 TPR
HSP20
ERP29_C
KE2
Prefoldin
DUF704
BAG
GrpE
DcpS
B
+ +
P31948 IEFS_HUMAN Stress-induziertes Phosphoprotein
1
P50502 ST13_HUMAN Hsc70-interagierendes Protein
Q02790 FKB4 HUMAN FK506-bindendes Protein 4
HSP20
PO4792 HS27_HUMAN
ERP29_C
P30040 ER29_HUMAN
KE2
Q9UHV9 PFD2_HUMAN
Prefoldin
Q15765 PFD3_HUMAN
DUF704
095433 AHAl HUMAN
Hitzeschock 27 kDa-Protein
Endoplasmatisches RetikulumProtein ERp29 [Präkursor]
Prefoldin-Untereinheit 2
Prefoldin-Untereinheit 3
Aktivator von 90 kDa HitzeschockProtein ATPase-Homolog 1
molekularer Chaperon-Regulator-2 der BAG-Familie
GrpE-Protein-Homolog 1, Mitochondrien [Präkursor]
HSPC015
B[Alpha]G
095816
GrpE
Q9HAV7
z DcpS
Q9Y2S5
I Q m
ED
O
X H
BAG2 HUMAN
GREl HUMAN
Q9Y2S5
+ +
+ +
+ + o
 
Tabelle 2.

   Theoretisches Molekulargewicht, theoretischer pl, beobachteter pl, Gesamtbewertung und übereinstimmende Peptide molekularer Chaperonen in Tumor-Zelllinien (theor.Mol.gew.: theoretisches Molekulargewicht, theoret. pl: theoretischer isoelektrischer Punkt) .
Hinübereinbeobachterle- abgekürzter ZellGesamt[not]
Protein-Name stimmende teter gungs- Name linien bewertung Peptide Nr. p
P07900 HS9A_HUMAN Hitzeschock-Protein HSP90-alpha HCT 116 100 17 5,65 theoret. Mol. gew. (Da) = 84542 A549 192 32 5,12 theoret. pl (pH) = 4,94 A-673 86 17 5,77
249 36 5,60
MCF-7 229 34 5,25 185 28 5,35
Heia 150 27 5,50
P08238 HS9B_HUMAN Hitzeschock-Protein HSP90-beta Saos-2 110 17 5,58 theoret. Mol. gew.

   (Da) = 83133 Sk N SH 90 23 5,18 theoret. pl (pH) = 4,97 HCT 116 153 28 5,40
HL 60 107 20 5,71
184 29 5,38
A-375 167 28 5,41
 <EMI ID=31.2> 
Heia 116 19 5,65 co
 <EMI ID=31.1> 
 

 <EMI ID=32.1> 

NACHGEREICHT 

 <EMI ID=33.1> 

MACHGEREICHT 

 <EMI ID=34.1> 

NACHGEREICS i<"> 

 <EMI ID=35.1> 

NACHGEREICHT 

 <EMI ID=36.1> 
 

 <EMI ID=37.1> 

NACHGEREICHT 
 <EMI ID=38.1> 
GEREICHT 

 <EMI ID=39.1> 

NACHGEREICHT 
 <EMI ID=40.1> 
 HinterlegungsNr.
P49368
P48643
P48643
z > o
I Q m m x O abgekürzter Name
TCPG HUMAN
TCPE HUMAN
TCPE HUMAN
Protein-Name
Zelllinien
Saos-2
SK-N-SH
HCT 116
A549
HL-60
A-375
Heia
Saos-2
HCT 116
A549
MCF-7
Heia
Gesamtbewertung
110
84
66
257 170
256
237
106
156
107
127 111
75
204 übereinstimmende Peptide
21
15
15
34 30
33
34
20
30
20
25 23
16
35 beobachteter
6,10
6,10
6,12
6,01 5,90
6,15
6,12
6,15
5,57
5,50
5,40 5,48
5,91
5,54
T-Komplex-Protein 1,

   gamma-Untereinheit theoret. Mol. gew. (Da) = 60402 theoret. pl (pH) = 6,10
T-Komplex-Protein 1, epsilon-Untereinheit theoret. Mol. gew. (Da) = 59671 theoret. pl (pH) = 5,45
T-Komplex-Protein 1, epsilon-Untereinheit i

*

 
Hinübereinbeobachterleabgekürzter ZellGesamt[not]
Protein-Name stimmende teter gungs- Name linien bewertung Peptide Nr. pi
P40227 TCPZ_HUMAN T-Komplex-Protein 1, zeta-Untereinheit theoret. Mol. gew.

   (Da) = 58024 Saos-2 160 32 6,29 theoret. pl (pH) = 6,24
SK-N-SH 188 31 6,30
HCT 116 141 26 6,37
CaOv-3 90 15 6,15
A549 185 31 6,20
HL-60 238 35 6,36
A-375 253 37 6,40
181 31 6,20
A-673 198 33 6,35
MCF-7 235 38 6,35
155 29 6,30
Heia 327 43 6,40
 <EMI ID=42.1> 

>
I 0 m [Omicron]
D r -i 
HinterlegungsNr.
Q9BU08
P31689
060884
C9UBS4
>
G
X Q m u m
O
I H abgekürzter Name
Q9BU08
DJA1 HUMAN
DJA2 HUMAN
DJBB HUMAN
Protein-Name
Zelllinien
SK-N-SH
HCT 116
A549
HL-60
A-375
A-673
MCF-7
A549
SK-N-SH
SK-N-SH
A549
Heia
Gesamtbewertung
77
133
126
215 233
275 197
303
117
271
108
85
97
93 übereinstimmende Peptide
17 20 29
29
37 38
38 29
43
21
36
20
16
16
14
16 beobachteter pi
5,79 5,64 5,60
5,60
5,52 5,60
5,60 5,65
5,60
5,60
5,63
6,80
6,05
6,00
6,02
6,05 zu 96% homolog mit der Isoform von T-Komplex-Protein 1, epsilon-Untereinheit theoret. Mol. gew.

   (Da) = 59468 theoret. pl (pH) = 5,45
DnaJ-Homolog-Unterfamilie A-Mitglied 1 theoret. Mol. gew. (Da) = 44868 theoret. pl (pH) = 6,65
DnaJ-Homolog-Unterfamilie A-Mitglied 2 theoret. Mol. gew. (Da) = 45745 theoret. pl (pH) = 6,06
DnaJ-Homolog-Unterfamilie B-Mitglied 11
[Prakursor] theoret. Mol. gew.

   (Da) = 40513 theoret. pl (pH) = 5,81 )

 
HinterlegungsNr.
P07237
P30101
P30101
z > o
X Q abgekürzter Name
PDI HUMAN
PDA3 HUMAN
PDA3 HUMAN
Protein-Name
Zelllinien
Ca0va3
A549
HL-60
Saos-2
SK-N-SH
HCT 116
CaOv-3
A549
HL-60
A-375
A-673
MCF-7
Gesamtbewertung
127
95
146 83
112 321
122 112 103
132 189
158 120 146
321
339 197
219 233 293
169
185 übereinstimmende Peptide
20
21
14
17 44
18 24 21
24 32
28 24 23
44
41 25
IT
35
37
25
26 beobachteter i
4,94
4,99
4,90 4,90
5,73 5,63
5,68 5,73 5,78
5,78 5,73
5,77 5,72 5,66
5,70
5,74 5,74
5,70 5,78 5,73
5,80
5,80
Protein-Disulfid-Isomerase [Präkursor] theoret. Mol. gew. (Da) = 57116 theoret. pl (pH) = 4,76
Protein-Disulfid-Isomerase A3 [Präkursor] theoret. Mol. gew. (Da) = 56782 theoret. pl (pH) = 5,98
Protein-Disulfid-Isomerase A3 [Präkursor] theoret. Mol. gew.

   (Da) = 56782 theoret. pl (pH) = 5,98 lt-.

 
Hinübereinbeobachterle- abgekürzter ZellGesamt[not]
Protein-Name stimmende teter gungs- Name linien bewertung Peptide Nr. pi
Q15084 PDA6_HUMAN Protein-Disulfid-Isomerase- erwandtesProtem 5 Saos-2 69 14 5,15 theoret. Mol. gew. (Da) = 48121 theoret. pl (pH) = 4,95 A549 131 20 5,20
HL-60 121 19 5,25
Q15084 PDA6_HUMAN Protein-Disulfid-Isomerase-verwandtes- 226 29 5,20 Protein 5 A-375 88 15 5,25
130 20 5,25
A-673 93 15 5,22
Heia 217 28 5,18
P05092 PPIA_HUMAN Peptidyl-Prolyl-cis-trans-Isomerase A theoret. Mol. gew. (Da) = 17881 SK-N-SH 63 11 6,55 theoret. pl (pH) = 7,82
102 17 6,78
A549 112 16 6,35
HL-60 137 20 6,35
A-375 67 10 5,25
68 10 6,77
A-673
143 18 7,70
P31948 IEFS_HUMAN Stress-induziertes Phosphoprotein 1 93 20 6,00 theoret. Mol. gew.

   (Da) = 62639 SK-N-SH 206 36 6,57 theoret. pl (pH) = 6,40
HCT 116 253 38 6,30
 <EMI ID=45.1> 

*

*
 
Hinübereinbeobachterle- abgekürzter ZellGesamt[not]
Protein-Name stimmende teter gungs- Name linien bewertung Peptide Nr.
P31948 IEFS_HUMAN Stress-induziertes Phosphoprotein 1 theoret. Mol. gew. (Da) = 62639 CaOv-3 150 27 6,34 theoret. pl (pH) = 6,40
180 29 6,52
A549 455 55 6,38
HL-60 185 26 6,70
423 51 6,60
A-375 347 41 6,40
114 20 6,20
A-673 338 50 6,35 198 30 6, 65
391 47 6,35
MCF-7 415 50 6,50 135 24 6,65
444 53 6,40
Heia 344 49 6,70 143 25 6,30
P50502 PPIA_HUMAN Hsc70-interagierendes Protein theoret. Mol. gew.

   (Da) = 41331 HL-60 68 11 5,15 theoret. pl (pH) = 5,18
A-375 93 18 5,19
 <EMI ID=46.1> 

Ja.
C[Lambda]

*

<
G
X Q m 
HinterlegungsNr.
Q02790
P04792
P04792 abgekürzter Name
FKB4 HUMAN
HS27 HUMAN
HS27 HUMAN
Protein-Name
Zelllinien
SK-N-SH
A549
HL-60
A-375
MCF-7
SK-N-SH
HCT 116
A549
HL-60
MCF-7
Heia
Gesamtbewertung
197
171
93
197
127
87
68
130
91
197
173
201
201
160
 <EMI ID=47.1> 
168 übereinstimmende Peptide
15
27
27
19 31
21
13
14
13
21 20 22 22
18 18 beobachteter pi
5,53
5,40
5,55
5,51 5,48
5,62
5,89
5,65
5,60
5,95
5, 76
5, 71
5, 95
5, 70
5, 65
 <EMI ID=47.2> 
6, 00
FK506-bindendes Protein 4 theoret. Mol. gew. (Da) = 51673 theoret. pl (pH) = 5,35
Hitzeschock-27 kDa-Protein theoret. Mol. gew. (Da) = 22782 theoret. pl (pH) = 5,98
Hitzeschock-27 kDa-Protein theoret. Mol. gew.

   (Da) = 22782 theoret. pl (pH) = 5, 98
*^J

 
Hinübereinbeobachterle- abgekürzter ZellGesamt[not]
Protein-Name stimmende teter gungs- Name linien bewertung Peptide Nr. pJ
P30040 ER29_HUMAN Endoplasmatisches Retikulum-Protein ERp29
[Präkursor] SK-N-SH 107 17 6,08 theoret. Mol. gew. (Da) = 28993 theoret. pl (pH) = 6,77 135 17 5,94
A549 82 12 5,70
120 19 5,75
A-375 115 16 6,10
MCF-7 153 18 6,15
Heia 249 30 6,10
Q9UHV9 PFD2 HUMAN Prefoldin-Untereinheit 2 theoret. Mol. gew. (Da) = 16647 SK-N-SH 68 8 6,00 theoret. pl (pH) = 6,20
Heia 165 16 6,05
Prefoldin-Untereinheit 3
Q15765 PFD3_HUMAN theoret. Mol. gew. (Da) = 21448 Heia 181 21 6,20 theoret. pl (pH) = 6,63
095433 AHA1_HUMAN Aktivator von 90 kDa Hitzeschock-Protein ATPase-Ho olog 1 SK-N-SH 86 17 5,52 theoret. Mol. gew.

   (Da) = 38274 theoret. pl (pH) = 5,41 Heia 75 12 5,54
095816 BAG2_HUMAN molekularer Chaperon-Regulator-2 der BAGz Familie A549 66 9 6,10 theoret. Mol. gew. (Da) = 23771 > theoret. pl (pH) = 6,25 Heia 78 10 5,85
G
I Q9HAV7 GRE1_HUMAN GrpE-Protein-Homolog 1, Mitochondrien [PräC kursor] m A-673 166 20 5,90 theoret. Mol. gew. (Da) = 24279 theoret. pl (pH) = 8,24 r[pi]
G X
H
 <EMI ID=48.1> 

00

>
>

 
Hinübereinbeobachterle- abgekürzter ZellGesamt[not]
Protein-Name stimmende teter gungs- Name linien bewertung Peptide Nr. i
Q9Y2S5 Q9Y2S5 HSPC015 theoret. Mol. gew. (Da) = 38608 HL-60 179 22 5,90
 <EMI ID=49.1> 
theoret. pl (pH) = 5,93
CD
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a

*z
5 o m D m
G
X H

Claims (20)

Patentansprüche :

1. Verfahren zum Diagnostizieren eines Tumors ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus Osteosarkom, Knochenmark-Neuroblastom, colorektalem Karzinom, Eierstock-Adenokarzinom, Lungen-Karzinom, akuter Promyelozyten-Leukämie, malignem Hautmelanom, Rhabdomyosarkom, Brustkrebs und Gebärmutterhals-Karzinom bei einem Menschen, umfassend die folgenden Schritte:

Vorsehen einer Probe einer Körperflüssigkeit oder einer Gewebeprobe eines Menschen,

Feststellen des Vorhandenseins mindestens eines Proteins mindestens einer Protein-Familie ausgewählt aus der Gruppe, bestehend aus

der Hitzeschock-Protein-90-Familie, bestehend aus Hitzeschock-Protein HSP90-alpha, Hitzeschock-Protein HSP90beta, Endoplasmin, Mitochondrien-Hitzeschock-Protein

75 kDa, 88,1% Homolog der Isoform von HSP90-beta (DKFZp761K0511) und Tumor-Rejection-Antigen (gp96) 1,

der Hitzeschock-Protein-70-Familie, bestehend aus Hitzeschock-Protein 105 kDa, Hitzeschock-70 kDa-Protein 1, Hitzeschock-verwandtem 70 kDa-Protein 2, Hitzeschock-

70 kDa-Protein 4, Mitochondrien-Stress-70-Protein, 78 kDaGlucose-verwandtem Protein, BiP-Protein, Hitzeschock-verwandtes 71 kDa-Protein, 150 kDa-Sauerstoff-reguliertem Protein und Hitzeschock-70kDa-Protein 8,

der TCP-l/cpn60-Chaperonin-Familie, bestehend aus Mitochondrien-60 kDa-Hitzeschock-Protein, T-Komplex-Protein 1-alpha-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-betaUntereinheit, T-Komplex-Protein 1-gamma-Untereinheit, TKomplex-Protein 1-epsilon-Untereinheit T-Komplex-Protein 1-zeta-Untereinheit , und hypothetischem Protein, das zu 96% homolog ist mit der Isoform der T-Komplex-Protein 1epsilon-Untereinheit,

der DnaJ-Familie, bestehend aus DnaJ-Homolog-Unterfamilie A-Mitglied 1, DnaJ-Homolog-Unterfamilie A-Mitglied 2 und DnaJ-Homolog-Unterfamilie B-Mitglied 11 und

der Thioredoxin-Familie, bestehend aus Protein-DisulfidIsomerase, Protein-Disulfid-Isomerase A3 und Protein-Disulfid-Isomerase A6, und/oder mindestens eines Proteins ausgewählt aus der Gruppe be-

NACHGEREICHT stehend aus Peptidyl-Prolyl-cis-trans-Isomerase A, Stress-induziertem Phosphoprotein 1, hsc70-interagierendem Protein, FK506bindendem Protein 4, Hitzeschock-27 kDa-Protein, endoplasmatischem Retikulum-Protein Erp29, Prefoldin-Untereinheit 2, Prefoldin-Untereinheit 3, Aktivator des 90 kDa-Hitzeschock-ProteinATPase-Homologs 1, molekularem Chaperon-Regulator-2 der BAG-Familie, Mitochondrien-GrpE-Protein-Homolog 1 und HSPC015, und Diagnostizieren

von Osteosarkom, wenn das Vorhandensein von Tumor-Rejection-Antigen (gp96) 1 in der Probe festgestellt wird,

von Knochenmark-Neuroblastom, wenn das Vorhandensein von DnaJ-Homolog-Unterfamilie A-Mitglied 2 in der Probe festgestellt wird,

von colorektalem Karzinom, wenn das Vorhandensein von Hitzeschock-Protein HSP 90-alpha, Hitzeschock-Protein HSP 90-beta, Endoplasmin, Hitzeschock- 70 kDa-Protein 1, Mitochondrien-Stress-70-Protein, 78 kDa-Glucose-reguliertem Protein, Hitzeschock-verwandtem 71 kDa-Protein, Mitochondrien-60 kDa-Hitzeschock-Protein, T-Komplex-Protein 1 alpha-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1 beta-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1 gamma-Untereinheit, TKomplex-Protein 1 epsilon-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1 zeta-Untereinheit, hypothetischem Protein, das zu 96% homolog mit der Isoform der T-Komplex-Protein 1 epsilonUntereinheit ist, Protein-Disulfid-Isomerase A3, Stressinduziertem Phosphoprotein 1 und Hitzeschock-27 kDa-Protein in der Probe festgestellt wird,

von Eierstock-Adenokarzinom, wenn das Vorhandensein von Mitochondrien-Hitzeschock-Protein 75 kDa, HitzeschockProtein 105 kDa, Mitochondrien-Stress-70-Protein, 78 kDaGlucose-reguliertem Protein, Hitzeschock-verwandtem

71 kDa-Protein, Mitochondrien 60 kDa-Hitzeschock-Protein, T-Komplex-Protein 1-alpha-Untereinheit , T-Komplex-Protein 1-beta-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-zeta-Untereinheit, Protein-Disulfid-Isomerase, Protein-DisulfidIsomerase A3 und Stress-induziertem Phosphoprotein 1 in der Probe festgestellt wird,

von Lungen-Karzinom, wenn das Vorhandensein von DnaJ-Homolog-Unterfamilie A-Mitglied 1 in der Probe festgestellt wird,

NACHGEREICHT von akuter Promyelozyten-Leukämie, wenn das Vorhandensein von Hitzeschock-70 kDa-Protein 8 und/oder HSPC015 in der Probe festgestellt wird,

von malignem Hautmelanom, wenn das Vorhandensein von Hitzeschock-Protein HSP90-beta, Endoplasmin, Mitochondrien-Hitzeschock-Protein 75 kDa, Hitzeschock 70 kDa-Protein 1, Mitochondrien-Stress-70-Protein, 78 kDa Glucosereguliertem Protein, Hitzeschock-verwandtem 71 kDa-Protein, Mitochondrien 60 kDa-Hitzeschock-Protein, T-KomplexProtein 1-alpha-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-beta-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-gamma-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-zeta-Untereinheit, hypothetischem Protein, das zu 96% homolog ist mit der Isoform der T-KomplexProtein 1-epsilon-Untereinheit, Protein-Disulfid-Isomerase A3, Protein-Disulfid-Isomerase A6, Peptidyl-Prolyl-cistrans-Isomerase A, Stress-induziertem Phosphoprotein 1, hsc70-interagierendem Protein, FK506-bindendem Protein 4 und endoplasmatischem Retikulum-Protein Erp29 in der Probe festgestellt wird,

von Rhabdomyosarkom, wenn das Vorhandensein von 88,1% Homolog der Isoform von HSP90-beta (DK-Fzp761K0511) und/oder Mitochondrien-GrpE-Protein-Homolog 1 in der Probe festgestellt wird,

von Brustkrebs, wenn das Vorhandensein von BiP-Protein und/oder 150 kDa-Sauerstoff-reguliertem Protein in der Probe festgestellt wird, und

von Gebärmutterhals-Karzinom, wenn das Vorhandensein von Prefoldin-Untereinheit 3 in der Probe festgestellt wird.

1. Verfahren zum Diagnostizieren eines Tumors bei einem Säuger, umfassend die folgenden Schritte:

Vorsehen einer Probe einer Körperflüssigkeit oder einer Gewebeprobe des Säugers,

Feststellen des Vorhandenseins mindestens eines Proteins mindestens einer Protein-Familie ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus der Hitzeschock-Protein-90-Familie, der HitzeschockProtein-70-Familie, der TCP-l/cpn60-Chaperonin-Familie, der DnaJ-Familie und der Thioredoxin-Familie, und/oder mindestens eines Proteins ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus PeptidylProlyl-cis-trans-Isomerase A, Stress-induziertem Phosphoprotein 1, hsc70-interagierendem Protein, FK506-bindendem Protein 4, Hitzeschock-27 kDa-Protein, endoplasmatischem Retikulum-Protein Erp29, Prefoldin-Untereinheit 2, Prefoldin-Untereinheit 3, Aktivator des 90 kDa-Hitzeschock-Protein-ATPase-Homologs 1, molekularem Chaperon-Regulator-2 der BAG-Familie, MitochondrienGrpE-Protein-Homolog 1 und HSPC015, und

Diagnostizieren eines Tumors, wenn mindestens eines der Proteine in der Probe festgestellt wird.

2. Verfahren nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, dass das Vorhandensein des mindestens einen Proteins festgestellt wird mit einem Verfahren ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus Protein-Massenspektrometrie, Antikörperbindung, Gel-Elektrophorese, vorzugsweise zweidimensionale Gel-Elektrophorese, Array-Technologie, vorzugsweise unter Verwendung eines Antikörper-Arrays, oder Kombinationen davon.

2. Verfahren nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, dass das Vorhandensein des mindestens einen Proteins festgestellt wird mit einem Verfahren ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus Protein-Massenspektrometrie, Antikörperbindung, Gel-Elektrophorese, vorzugsweise zweidimensionale Gel-Elektrophorese, ChipTechnologie, vorzugsweise unter Verwendung eines AntikörperChips, oder Kombinationen davon.

3. Verfahren nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, dass das Vorhandensein des mindestens einen Proteins festgestellt wird durch Bestimmen der für das mindestens eine Protein kodierenden

NACHGEREICHT mRNA.

3. Verfahren nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, dass das Vorhandensein des mindestens einen Proteins festgestellt wird durch Bestimmen der für das mindestens eine Protein kodierenden mRNA.

4. Verfahren nach Anspruch 3, dadurch gekennzeichnet, dass die für das mindestens eine Protein kodierende mRNA bestimmt wird mit einem Verfahren ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus Array-Technologie, vorzugsweise unter Verwendung eines DNA-Arrays, Nukleinsäure-Amplifikation, vorzugsweise reverse-TranskriptasePolymerase-Kettenreaktion, Hybridisierungstechniken und Kombinationen davon.

4. Verfahren nach Anspruch 3, dadurch gekennzeichnet, dass die für das mindestens eine Protein kodierende mRNA bestimmt wird mit einem Verfahren ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus Chip-Technologie, vorzugsweise unter Verwendung eines DNA-Chips, Nukleinsäure-Amplifikation, vorzugsweise reverse-Transkriptase-

I MAi l I,#N-[iota]-i-- >->.. Polymerase-Kettenreaktion, Hybridisierungstechniken und Kombinationen davon.

5. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 4, dadurch gekennzeichnet, dass das Vorhandensein von drei oder mehr, vorzugsweise von acht oder mehr, insbesondere von zehn oder mehr, dieses mindestens einen Proteins gleichzeitig in der Probe bestimmt wird.

5. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 4, dadurch gekennzeichnet, dass das Vorhandensein und/oder die Menge von drei oder mehr, vorzugsweise von acht oder mehr, insbesondere von zehn oder mehr, dieses mindestens einen Proteins gleichzeitig in der Probe bestimmt wird.

6. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 5, dadurch gekennzeichnet, dass Osteosarkom diagnostiziert wird, wenn weiters das Vorhandensein von Hitzeschock-Protein 90-beta, Endoplasmin, Hitzeschock-70 kDa-Protein 1, Mitochondrien-Stress-70-Protein, 78 kDa Glucose-reguliertem Protein, Hitzeschock-verwandtem 71 kDaProtein, Mitochondrien 60 kDa-Hitzeschock-Protein, T-KomplexProtein 1-alpha-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-beta-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-gamma-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-epsilon-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-zeta-Untereinheit, Protein-Disulfid-Isomerase A3 und Protein-Disulfid-Isomerase A6 in der Probe festgestellt wird.

6. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 5, dadurch gekennzeichnet, dass das mindestens eine Protein der HitzeschockProtein 90-Familie ausgewählt ist aus der Gruppe bestehend aus Hitzeschock-Protein HSP90-alpha, Hitzeschock-Protein HSP90-beta, Endoplasmin, Mitochondrien-Hitzeschock-Protein 75 kDa, 88,1% Homolog der Isoform von HSP90-beta (DKFZp761K0511) und Tumor-Rejection-Antigen (gp96) 1.

7. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 6, dadurch gekennzeichnet, dass Knochenmark-Neuroblastom diagnostiziert wird, wenn weiters das Vorhandensein von Hitzeschock-Protein HSP90beta, Endoplasmin, Mitochondrien-Hitzeschock-Protein 75 kDa, Hitzeschock-verwandtem 70 kDa-Protein 2, Hitzeschock-70 kDa-Protein 4, Mitochondrien-Stress-70-Protein, 78 kDa Glucose-reguliertem Protein, Hitzeschock-verwandtem 71 kDa-Protein, Mitochondrien 60 kDa-Hitzeschock-Protein, T-Komplex-Protein 1-alphaUntereinheit, T-Komplex-Protein 1-beta-Untereinheit, T-KomplexProtein 1-gamma-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-zeta-Untereinheit, hypothetischem Protein, das zu 96% homolog ist mit der Isoform von T-Komplex-Protein 1-epsilon-Untereinheit, Dna-J-Ho-

MA^UriCDC-[Iota] JT molog-Unterfamilie B Mitglied 11, Protein-Disulfid-Isomerase A3, Peptidyl-prolyl-cis-trans-Isomerase A, Stress-induziertem Phosphoprotein 1, FK506-bindendem Protein 4, Hitzeschock-27 kDa-Protein, endoplasmatischem Retikulum-Protein Erp29, PrefoldinUntereinheit 2 und Aktivator von 90 kDa-Hitzeschock-Protein ATPase-Homolog 1 in der Probe festgestellt wird.

7. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 6, dadurch gekennzeichnet, dass das mindestens eine Protein der HitzeschockProtein 70-Familie ausgewählt ist aus der Gruppe bestehend aus Hitzeschock-Protein 105 kDa, Hitzeschock-70 kDa-Protein 1, Hitzeschock-verwandtem 70 kDa-Protein 2, Hitzeschock-70 kDaProtein 4, Mitochondrien-Stress-70-Protein, 78 kDa-Glucoseverwandtem Protein, BiP-Protein, Hitzeschock-verwandtes 71 kDaProtein, 150 kDa-Sauerstoff-reguliertem Protein und Hitzeschock70kDa-Protein 8.

8. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 7, dadurch gekennzeichnet, dass Lungen-Karzinom diagnostiziert wird, wenn weiters das Vorhandensein von Hitzeschock-Protein HSP 90-alpha, Endoplasmin, Mitochondrien-Hitzeschock-Protein 75 kDa, Hitzeschock70 kDa-Protein 1, Hitzeschock-70 kDa-Protein 4, MitochondrienStress-70-Protein, 78 kDa-Glucose-reguliertem Protein, Hitzeschock-verwandtem 71 kDa-Protein, Mitochondrien 60 kDa-Hitzeschock-Protein, T-Komplex-Protein 1 alpha-Untereinheit, TKomplex-Protein 1 beta-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1 gammaUntereinheit, T-Komplex-Protein 1 epsilon-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1 zeta-Untereinheit, hypothetischem Protein, das zu 96% homolog mit der Isoform der T-Komplex-Protein 1 epsilon-Untereinheit ist, DnaJ-Homolog-Unterfamilie B-Mitglied 11, Protein-Disulfid-Isomerase, Protein-Disulfid-Isomerase A3, ProteinDisulfid-Isomerase A6,

Peptidyl-Prolyl-cis-trans-Isomerase A, Stress-induziertem Phosphoprotein 1, FK506-bindendem Protein 4, Hitzeschock-27 kDa-Protein, endoplasmatischem Reticulum-Protein Erp29 und molekularem Chaperon-Regulator-2 der BAG-Familie in der Probe festgestellt wird.

8. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 7, dadurch gekennzeichnet, dass das mindestens eine Protein der TCP-1/cpn[beta]O-Chaperonin-Familie ausgewählt ist aus der Gruppe bestehend aus Mitochondrien-60 kDa-Hitzeschock-Protein, T-Komplex-Protein 1alpha-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-beta-Untereinheit, TKomplex-Protein 1-gamma-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-epsilon-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-zeta-Untereinheit , und hypothetischem Protein, das zu 96% homolog ist mit der Isoform der T-Komplex-Protein 1-epsilon-Untereinheit .

9. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 8, dadurch gekennzeichnet, dass akute Promyelozyten-Leukämie diagnostiziert wird, wenn weiters das Vorhandensein von Hitzeschock-Protein HSP90beta, Endoplasmin, Hitzeschock- 70 kDa-Protein-1, Hitzeschock

70 kDa-Protein 4, Mitochondrien-Stress-70-Protein, 78 kDa Glucose-reguliertem Protein, Hitzeschock-verwandtem 71 kDa-Protein, Mitochondrien-60 kDa-Hitzeschock-Protein, T-Komplex-Protein 1alpha-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-beta-Untereinheit, TKomplex-Protein 1-gamma-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-zetaUntereinheit, hypothetischem Protein, das zu 96% homolog mit der Isoform von T-Komplex-Protein 1-epsilon-Untereinheit ist, Protein-Disulfid-Isomerase, Protein-Disulfid-Isomerase A3, ProteinDisulfid-Isomerase A6, a -i Hyl -Pr-r.1 yl - i g-l-ran<;-Tfnt[iota]iP ri p 7.

NACHGEREICH Stress-induziertem Phosphoprotein 1, hsc70-interagierendem Protein, FK506-bindendem Protein 4 und Hitzeschock-27 kDa-Protein in der Probe festgestellt wird.

9. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 8, dadurch gekennzeichnet, dass das mindestens eine Protein der DnaJ-Familie ausgewählt ist aus der Gruppe bestehend aus DnaJ-Homolog-

NACHGEREICHT Unterfamilie A-Mitglied 1, DnaJ-Homolog-Unterfamilie A-Mitglied 2 und DnaJ-Homolog-Unterfamilie B-Mitglied 11.

10. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 9, dadurch gekennzeichnet, dass Rhabdomyosarkom diagnostiziert wird, wenn weiters das Vorhandensein von Hitzeschock-Protein HSP90-alpha, Endoplasmin, Mitrochondrien-Hitzeschock-Protein 75 kDa, Hitzeschock-Protein 105 kDa, Hitzeschock-70 kDa-Protein 1, Hitzeschock-70 kDa-Protein 4, Mitochondrien-Stress-70-Protein, 78 kDa Glucose-reguliertem Protein, Hitzeschock-verwandtem 71 kDa-Protein, Mitochondrien-60 kDa-Hitzeschock-Protein, T-Komplex-Protein 1-beta-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-zeta-Untereinheit, hypothetischem Protein, das zu 96% homolog mit der Isoform von T-Komplex-Protein 1-epsilon-Untereinheit ist, Protein-DisulfidIsomerase A3, Protein-Disulfid-Isomerase A6, Peptidyl-Prolylcis-trans-Isomerase A und Stress-induziertem Phosphoprotein 1, in der Probe festgestellt wird.

10. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 9, dadurch gekennzeichnet, dass das mindestens eine Protein der ThioredoxinFamilie ausgewählt ist aus der Gruppe bestehend aus Protein-Disulfid-Isomerase, Protein-Disulfid-Isomerase A3 und Protein-Disulfid-Isomerase A6.

11. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 10, dadurch gekennzeichnet, dass Brustkrebs diagnostiziert wird, wenn weiters das Vorhandensein von Hitzeschock-Protein HSP90-alpha, Endoplasmin, Mitochondrien-Hitzeschock-Protein 75 kDa, Hitzeschock-Protein 105 kDa, Hitzeschock-70 kDa-Protein 1, Hitzeschock-verwandtem 71 kDa-Protein, T-Komplex-Protein 1-alpha-Untereinheit, TKomplex-Protein 1-epsilon-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1 zeta-Untereinheit, hypothetischem Protein, das zu 96% homolog mit der Isoform von T-Komplex-Protein 1-epsilon-Untereinheit ist, Protein-Disulfid-Isomerase A3, Stress-induziertem Phosphoprotein 1, FK506-bindendem Protein 4, Hitzeschock-27 kDa-Protein, und endoplasmatischem Retikulum-Protein Erp29 in der Probe festgestellt wird.

11. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 10, dadurch gekennzeichnet, dass der zu diagnostizierende Tumor ausgewählt ist aus der Gruppe bestehend aus Osteosarkom, Knochenmark-Neuroblastom, colorektalem Karzinom, Eierstock-Adenokarzinom, Lungen-Karzinom, akuter Promyelozyten-Leukämie, malignem Hautmelanom, Rhabdomyosarkom, Brustkrebs und Gebärmutterhals-Karzinom.

12. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 11, dadurch gekennzeichnet, dass Gebärmutterhals-Karzinom diagnostiziert wird, wenn weiters das Vorhandensein von Hitzeschock-Protein HSP90-alpha, Hitzeschock-Protein HSP90-beta, Endoplasmin, MitochondrienHitzeschock-Protein 75 kDa, 78 kDa-Glucose-reguliertem Protein, Hitzeschock-verwandtem 71 kDa-Protein, Mitochondrien-60 kDa-Hitzeschock-Protein, T-Komplex-Protein 1-alpha-Untereinheit, T-Kom-

NACHGEREICHT plex-Protein 1-beta-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-gamma-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-epsilon-Untereinheit, T-KomplexProtein 1 zeta-Untereinheit, DnaJ-Homolog-Unterfamilie B-Mitglied 11, Protein-Disulfid-Isomerase A6, Stress-induziertem Phosphoprotein 1, Hitzeschock-27 kDa-Protein, endoplasmatischem Retikulum-Protein Erp29, Prefolding-Untereinheit 2, Aktivator von 90 kDa-Hitzeschock-Protein ATPase-Homolog 1 und molekularem Chaperon-Regulator-2 der BAG-Familie in der Probe festgestellt wird.

12. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 11, dadurch gekennzeichnet, dass Osteosarkom diagnostiziert wird, wenn das Vorhandensein von Tumor-Rejection-Antigen (gp96) 1 in der Probe festgestellt wird.

13. Set zum Bestimmen des Vorhandenseins von mindestens einem Protein in einer Probe, wobei das mindestens eine Protein ausgewählt ist aus der Gruppe bestehend aus mindestens einer Proteinfamilie ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus der HitzeschockProtein-90-Familie, der Hitzeschock-Protein-70-Familie, der TCPl/cpn60-Chaperonin-Familie, der DnaJ-Familie und der Thioredoxin-Familie, und/oder mindestens eines Proteins ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus Peptidyl-Prolyl-cis-trans-Isomerase A, Stress-induziertem Phosphoprotein 1, hsc70-interagierendem Protein, FK506-bindendem Protein 4, Hitzeschock-27 kDa-Protein, endoplasmatischem Retikulum-Protein Erp29, Prefoldin-Untereinheit 2, Prefoldin-Untereinheit 3, Aktivator des 90 kDa-Hitzeschock-Protein-ATPase-Homologs 1, molekularem ChaperonRegulator-2 der BAG-Familie, Mitochondrien-GrpE-Protein-Homolog 1 und HSPC015,

wobei das Set umfasst einen Probenbehälter,

Mittel zur Detektion der mindestens zwei Proteine, insbesondere Antikörper, welche die Proteine spezifisch erkennen, und gegebenenfalls

Mittel zum Bestimmen der Menge der detektierten Proteine.

13. Verfahren nach Anspruch 12, dadurch gekennzeichnet, dass Osteosarkom diagnostiziert wird, wenn weiters das Vorhandensein von Hitzeschock-Protein 90-beta, Endoplasmin, Hitzeschock-

70 kDa-Protein 1, Mitochondrien-Stress-70-Protein, 78 kDa Glucose-reguliertem Protein, Hitzeschock-verwandtem 71 kDa-Protein, Mitochondrien 60 kDa-Hitzeschock-Protein, T-Komplex-Protein 1alpha-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-beta-Untereinheit , TKomplex-Protein 1-gamma-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-epsilon-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-zeta-Untereinheit, Protein-Disulfid-Isomerase A3 und/oder Protein-Disulfid-Isomerase A6 in der Probe festgestellt wird.

14. Set nach Anspruch 13, dadurch gekennzeichnet, dass die Mittel zur Detektion des mindestens einen Proteins und die Mittel zum Bestimmen der Menge des detektierten mindestens einen Proteins konjugierte, vorzugsweise markierte, Antikörper, insbesondere radioaktiv oder Fluoreszenz-markierte Antikörper sind.

14. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 11, dadurch gekennzeichnet, dass Knochenmark-Neuroblastom diagnostiziert wird, wenn das Vorhandensein von DnaJ-Homolog-Unterfamilie A-Mitglied 2 in der Probe festgestellt wird.

15. Set nach Anspruch 13 oder 14, dadurch gekennzeichnet, dass die Mittel zur Detektion des mindestens einen Proteins an einer festen Oberfläche immobilisiert sind.

NACHGERI.@ [Iota]

15. Verfahren nach Anspruch 14, dadurch gekennzeichnet, dass Knochenmark-Neuroblastom diagnostiziert wird, wenn weiters das

NACHGEREICHT Vorhandensein von Hitzeschock-Protein HSP90-beta, Endoplasmin, Mitochondrien-Hitzeschock-Protein 75 kDa, Hitzeschock-verwandtem 70 kDa-Protein 2, Hitzeschock-70 kDa-Protein 4, MitochondrienStress-70-Protein, 78 kDa Glucose-reguliertem Protein, Hitzeschock-verwandtem 71 kDa-Protein, Mitochondrien 60 kDa-Hitzeschock-Protein, T-Komplex-Protein 1-alpha-Untereinheit, TKomplex-Protein 1-beta-Untereinheit , T-Komplex-Protein 1-gammaUntereinheit , T-Komplex-Protein 1-zeta-Untereinheit , hypothetischem Protein, das zu 96% homolog ist mit der Isoform von TKomplex-Protein 1-epsilon-Untereinheit, Dna-J-Homolog-Unterfamilie B Mitglied 11, Protein-Disulfid-Isomerase A3, Peptidylprolyl-cis-trans-Isomerase A, Stress-induziertem Phosphoprotein 1, FK506-bindendem Protein 4, Hitzeschock-27 kDa-Protein, endoplasmatischem Retikulum-Protein Erp29,

Prefoldin-Untereinheit 2 und/oder Aktivator von 90 kDa-Hitzeschock-Protein ATPase-Homolog 1 in der Probe festgestellt wird.

16. Set zum Feststellen des Vorhandenseins der mRNAs mindestens eines Proteins in einer Probe, wobei das mindestens eine Protein ausgewählt ist aus der Gruppe bestehend aus mindestens einer Protein-Familie ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus der Hitzeschock-Protein-90-Familie, der Hitzeschock-Protein-70Fa ilie, der TCP-l/cpn60-Chaperonin-Familie, der DnaJ-Familie und der Thioredoxin-Familie, und/oder mindestens eines Proteins ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus Peptidyl-Prolyl-cistrans-Isomerase A, Stress-induziertem Phosphoprotein 1, hsc70interagierendem Protein, FK506-bindendem Protein 4, Hitzeschock27 kDa-Protein, endoplasmatischem Retikulum-Protein Erp29, Prefoldin-Untereinheit 2, Prefoldin-Untereinheit 3, Aktivator des 90 kDa-Hitzeschock-Protein-ATPase-Homologs 1, molekularem Chaperon-Regulator-2 der BAG-Familie, Mitochondrien-GrpE-Protein-Homolog 1 und HSPC015,

wobei das Set umfasst einen Probenbehälter,

Mittel zur Detektion der mRNAs des mindestens einen Proteins, insbesondere komplementäre Nukleinsäuren oder Primer, welche die mRNAs amplifizieren.

16. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 11, dadurch gekennzeichnet, dass colorektales Karzinom diagnostiziert wird, wenn das Vorhandensein von Hitzeschock-Protein HSP 90-alpha, Hitzeschock-Protein HSP 90-beta, Endoplasmin, Hitzeschock-

70 kDa-Protein 1, Mitochondrien-Stress-70-Protein, 78 kDa-Glucose-reguliertem Protein, Hitzeschock-verwandtem 71 kDa-Protein, Mitochondrien-60 kDa-Hitzeschock-Protein, T-Komplex-Protein 1 alpha-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1 beta-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1 gamma-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1 epsilon-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1 zeta-Untereinheit, hypothetischem Protein, das zu 96% homolog mit der Isoform der TKomplex-Protein 1 epsilon-Untereinheit ist, Protein-DisulfidIsomerase A3, Stress-induziertem Phosphoprotein 1 und Hitzeschock-27 kDa-Protein in der Probe festgestellt wird.

17. Set nach Anspruch 16, dadurch gekennzeichnet, dass die Mittel zur Detektion der mRNAs des mindestens einen Proteins und die Mittel zum Bestimmen der Menge der detektierten mRNAs konjugierte, vorzugsweise markierte, Nukleinsäuren, insbesondere radioaktiv oder Fluoreszenz-markierte Nukleinsäuren sind.

17. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 11, dadurch gekennzeichnet, dass Eierstock-Adenokarzino<'>diagnostiziert wird, wenn das Vorhandensein von Mitochondrien-Hitzeschock-Protein 75 kDa, Hitzeschock-Protein 105 kDa, Mitochondrien-Stress-70Protein, 78 kDa-Glucose-reguliertem Protein, Hitzeschockverwandtem 71 kDa-Protein, Mitochondrien 60 kDa-HitzeschockProtein, T-Komplex-Protein 1-alpha-Untereinheit, T-KomplexProtein 1-beta-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-zeta-Unter-

NACHGEREICHT einheit, Protein-Disulfid-Isomerase, Protein-Disulfid-Isomerase A3 und Stress-induziertem Phosphoprotein 1 in der Probe festgestellt wird.

18. Set nach Anspruch 16 oder 17, dadurch gekennzeichnet, dass die Mittel zur Detektion der mRNAs des mindestens einen Proteins an einer festen Oberfläche immobilisiert sind.

18. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 11, dadurch gekennzeichnet, dass Lungen-Karzinom diagnostiziert wird, wenn das Vorhandensein von DnaJ-Homolog-Unterfamilie A-Mitglied 1 in der Probe festgestellt wird.

19. Verfahren zum Diagnostizieren eines Tumors bei einem Menschen, umfassend die folgenden Schritte:

Vorsehen einer Probe einer Körperflüssigkeit oder einer Gewebeprobe eines Menschen,

Erstellen einer Chaperon-Referenz-Karte (chaperone reference map, CRM) der Probe unter Verwendung von zweidimensionaler GelElektrophorese, gegebenenfalls kombiniert mit Massenspektroskopie-Identifizierung, und

Analysieren der Chaperon-Referenz-Karte, gegebenenfalls

NACHGEREICHT durch Vergleichen der CRM der Probe mit einer Standard-CRM.

19. Verfahren nach Anspruch 18, dadurch gekennzeichnet, dass Lungen-Karzinom diagnostiziert wird, wenn weiters das Vorhandensein von Hitzeschock-Protein HSP 90-alpha, Endoplasmin, Mitochondrien-Hitzeschock-Protein 75 kDa, Hitzeschock-70 kDaProtein 1, Hitzeschock-70 kDa-Protein 4, Mitochondrien-Stress70-Protein, 78 kDa-Glucose-reguliertem Protein, Hitzeschockverwandtem 71 kDa-Protein, Mitochondrien 60 kDa-HitzeschockProtein, T-Komplex-Protein 1 alpha-Untereinheit, T-KomplexProtein 1 beta-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1 gamma-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1 epsilon-Untereinheit, T-KomplexProtein 1 zeta-Untereinheit, hypothetischem Protein, das zu 96% homolog mit der Isoform der T-Komplex-Protein 1 epsilon-Untereinheit ist, DnaJ-Homolog-Unterfamilie B-Mitglied 11, ProteinDisulfid-Isomerase, Protein-Disulfid-Isomerase A3, Protein-Disulfid-Isomerase A6,

Peptidyl-Prolyl-cis-trans-Isomerase A, Stress-induziertem Phosphoprotein 1, FK506-bindendem Protein 4, Hitzeschock-27 kDa-Protein, endoplasmatischem Reticulum-Protein Erp29 und/oder molekularem Chaperon-Regulator-2 der BAG-Familie in der Probe festgestellt wird.

20. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 11, dadurch gekennzeichnet, dass akute Promyelozyten-Leukämie diagnostiziert wird, wenn das Vorhandensein von Hitzeschock-70 kDa-Protein 8 und/oder HSPC015 in der Probe festgestellt wird.

21. Verfahren nach Anspruch 20, dadurch gekennzeichnet, dass akute Promyelozyten-Leukämie diagnostiziert wird, wenn weiters das Vorhandensein von Hitzeschock-Protein HSP90-beta, Endoplasmin, Hitzeschock- 70 kDa-Protein-1, Hitzeschock 70 kDa-Protein 4, Mitochondrien-Stress-70-Protein, 78 kDa Glucose-reguliertem Protein, Hitzeschock-verwandtem 71 kDa-Protein, Mitochondrien-

i NACHGEREi^r 60 kDa-Hitzeschock-Protein, T-Komplex-Protein 1-alpha-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-beta-Untereinheit , T-Komplex-Protein 1-gamma-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-zeta-Untereinheit , hypothetischem Protein, das zu 96% homolog mit der Isoform von T-Komplex-Protein 1-epsilon-Untereinheit ist, Protein-DisulfidIsomerase, Protein-Disulfid-Isomerase A3, Protein-DisulfidIsomerase A6, Peptidyl-Prolyl-cis-trans-Isomerase A, Stress-induziertem Phosphoprotein 1, hsc70-interagierendem Protein, FK506-bindendem Protein 4 und Hitzeschock-27 kDa-Protein in der Probe festgestellt wird.

22. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 11, dadurch gekennzeichnet, dass malignes Hautmelanom diagnostiziert wird, wenn das Vorhandensein von Hitzeschock-Protein HSP90-beta, Endoplasmin, Mitochondrien-Hitzeschock-Protein 75 kDa, Hitzeschock 70 kDa-Protein 1, Mitochondrien-Stress-70-Protein, 78 kDa Glucose-reguliertem Protein, Hitzeschock-verwandtem 71 kDa-Protein, Mitochondrien 60 kDa-Hitzeschock-Protein, T-Komplex-Protein 1alpha-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-beta-Untereinheit, TKomplex-Protein 1-gamma-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-zetaUntereinheit, hypothetischem Protein, das zu 96% homolog ist mit der Isoform der T-Komplex-Protein 1-epsilon-Untereinheit, Protein-Disulfid-Isomerase A3, Protein-Disulfid-Isomerase A6, Peptidyl-Prolyl-cis-trans-Isomerase A, Stress-induziertem Phosphoprotein 1, hsc70-interagierendem Protein,

FK506-bindendem Protein 4 und endoplasmatischem Retikulum-Protein Erp29 in der Probe festgestellt wird.

23. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 11, dadurch gekennzeichnet, dass Rhabdomyosarkom diagnostiziert wird, wenn das Vorhandensein von 88,1% Homolog der Isoform von HSP90-beta (DKFzp76lK0511) , und/oder Mitochondrien-GrpE-Protein-Homolog 1 in der Probe festgestellt wird.

24. Verfahren nach Anspruch 23, dadurch gekennzeichnet, dass Rhabdomyosarkom diagnostiziert wird, wenn weiters das Vorhandensein von Hitzeschock-Protein HSP90-alpha, Endoplasmin, Mitrochondrien-Hitzeschock-Protein 75 kDa, Hitzeschock-Protein

105 kDa, Hitzeschock-70 kDa-Protein 1, Hitzeschock-70 kDa-Protein 4, Mitochondrien-Stress-70-Protein, 78 kDa Glucose-regu-

I NACHGEREICHT I liertem Protein, Hitzeschock-verwandtem 71 kDa-Protein, Mitochondrien-60 kDa-Hitzeschock-Protein, T-Komplex-Protein 1-betaUntereinheit, T-Komplex-Protein 1-zeta-Untereinheit, hypothetischem Protein, das zu 96% homolog mit der Isoform von T-Komplex-Protein 1-epsilon-Untereinheit ist, Protein-DisulfidIsomerase A3, Protein-Disulfid-Isomerase A6, Peptidyl-Prolylcis-trans-Isomerase A und Stress-induziertem Phosphoprotein 1, in der Probe festgestellt wird.

25. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 11, dadurch gekennzeichnet, dass Brustkrebs diagnostiziert wird, wenn das Vorhandensein von BiP-Protein und/oder 150 kDa-Sauerstoffreguliertem Protein in der Probe festgestellt wird.

26. Verfahren nach Anspruch 25, dadurch gekennzeichnet, dass Brustkrebs diagnostiziert wird, wenn weiters das Vorhandensein von Hitzeschock-Protein HSP90-alpha, Endoplasmin, MitochondrienHitzeschock-Protein 75 kDa, Hitzeschock-Protein 105 kDa, Hitzeschock-70 kDa-Protein 1, Hitzeschock-verwandtem 71 kDa-Protein, T-Komplex-Protein 1-alpha-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-e[rho]silon-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1 zeta-Untereinheit, hypothetischem Protein, das zu 96% homolog mit der Isoform von TKomplex-Protein 1-epsilon-Untereinheit ist, Protein-DisulfidIsomerase A3, Stress-induziertem Phosphoprotein 1, FK506bindendem Protein 4, Hitzeschock-27 kDa-Protein, und endoplasmatischem Retikulum-Protein Erp29 in der Probe festgestellt wird.

27. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 11, dadurch gekennzeichnet, dass Gebärmutterhals-Karzinom diagnostiziert wird, wenn das Vorhandensein von Prefoldin-Untereinheit 3 in der Probe festgestellt wird.

28. Verfahren nach Anspruch 27, dadurch gekennzeichnet, dass Gebärmutterhals-Karzinom diagnostiziert wird, wenn weiters das Vorhandensein von Hitzeschock-Protein HSP90-alpha, HitzeschockProtein HSP90-beta, Endoplasmin, Mitochondrien-HitzeschockProtein 75 kDa, 78 kDa-Glucose-reguliertem Protein, Hitzeschockverwandtem 71 kDa-Protein, Mitochondrien-60 kDa-HitzeschockProtein, T-Komplex-Protein 1-alpha-Untereinheit, T-KomplexProtein 1-beta-Untereinheit, T-Komplex-Protein 1-gamma-Unter-

NACHGEREICHT einheit, T-Komplex-Protein 1-epsilon-Untereinheit , T-KomplexProtein 1 zeta-Untereinheit, DnaJ-Homolog-Unterfamilie B-Mitglied 11, Protein-Disulfid-Isomerase A6, Stress-induziertem Phosphoprotein 1, Hitzeschock-27 kDa-Protein, endoplasmatischem Retikulum-Protein Erp29, Prefolding-Untereinheit 2, Aktivator von 90 kDa-Hitzeschock-Protein ATPase-Homolog 1 und molekularem Chaperon-Regulator-2 der BAG-Familie in der Probe festgestellt wird.

29. Set zum Bestimmen des Vorhandenseins von mindestens einem Protein in einer Probe, wobei das mindestens eine Protein ausgewählt ist aus der Gruppe bestehend aus mindestens einer Proteinfamilie ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus der Hitzeschock-Protein-90-Familie, der Hitzeschock-Protein-70-Familie, der TCP-l/cpn60-Chaperonin-Familie, der DnaJ-Familie und der Thioredoxin-Familie, und/oder mindestens eines Proteins ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus Peptidyl-Prolyl-cis-transIso erase A, Stress-induziertem Phosphoprotein 1, hsc70-interagierendem Protein, FK506-bindendem Protein 4, Hitzeschock-

27 kDa-Protein, endoplasmatischem Retikulum-Protein Erp29, Prefoldin-Untereinheit 2, Prefoldin-Untereinheit 3, Aktivator des 90 kDa-Hitzeschock-Protein-ATPase-Homologs 1, molekularem Chaperon-Regulator-2 der BAG-Familie, Mitochondrien-GrpE-Protein-Homolog 1 und HSPC015, wobei das Set umfasst eine Probe oder einen Probenbehälter,

Mittel zur Detektion der mindestens zwei Proteine, insbesondere Antikörper, welche die Proteine spezifisch erkennen, und gegebenenfalls

Mittel zum Bestimmen der Menge der detektierten Proteine.

30. Set nach Anspruch 29, dadurch gekennzeichnet, dass die Mittel zur Detektion des mindestens einen Proteins und die Mittel zum Bestimmen der Menge des detektierten mindestens einen Proteins konjugierte, vorzugsweise markierte, Antikörper, insbesondere radioaktiv oder Fluoreszenz-markierte Antikörper sind.

31. Set nach Anspruch 29 oder 30, dadurch gekennzeichnet, dass die Mittel zur Detektion des mindestens einen Proteins an einer festen Oberfläche immobilisiert sind.

NACHGEREICHT

32. Set zum Feststellen des Vorhandenseins der mRNAs mindestens eines Proteins in einer Probe, wobei das mindestens eine Protein ausgewählt ist aus der Gruppe bestehend aus mindestens einer Protein-Familie ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus der Hitzeschock-Protein-90-Familie, der Hitzeschock-Protein-70Familie, der TCP-l/cpn60-Chaperonin-Familie, der DnaJ-Familie und der Thioredoxin-Familie, und/oder mindestens eines Proteins ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus Peptidyl-Prolyl-cistrans-Isomerase A, Stress-induziertem Phosphoprotein 1, hsc70interagierendem Protein, FK506-bindendem Protein 4, Hitzeschock27 kDa-Protein, endoplasmatischem Retikulum-Protein Erp29, Prefoldin-Untereinheit 2, Prefoldin-Untereinheit 3, Aktivator des 90 kDa-Hitzeschock-Protein-ATPase-Homologs 1, molekularem Chaperon-Regulator-2 der BAG-Familie, Mitochondrien-GrpE-Protein-Homolog 1 und HSPC015,

wobei das Set umfasst eine Probe oder einen Probenbehälter,

Mittel zur Detektion der mRNAs des mindestens einen Proteins, insbesondere komplementäre Nukleinsäuren oder Primer, welche die mRNAs amplifizieren, und gegebenenfalls

Mittel zum Bestimmen der Menge der detektierten mRNAs.

33. Set nach Anspruch 32, dadurch gekennzeichnet, dass die Mittel zur Detektion der mRNAs des mindestens einen Proteins und die Mittel zum Bestimmen der Menge der detektierten mRNAs konjugierte, vorzugsweise markierte, Nukleinsäuren, insbesondere radioaktiv oder Fluoreszenz-markierte Nukleinsäuren sind.

34. Set nach Anspruch 32 oder 33, dadurch gekennzeichnet, dass die Mittel zur Detektion der mRNAs des mindestens einen Proteins an einer festen Oberfläche immobilisiert sind.

35. Verfahren zum Diagnostizieren eines Tumors bei einem Säuger, umfassend die folgenden Schritte:

Vorsehen einer Probe einer Körperflüssigkeit oder einer Gewebeprobe dieses Säugers,

Erstellen einer Chaperon-Referenz-Karte (chaperone reference map, CRM) der Probe unter Verwendung von zweidimensionaler GelElektrophorese, gegebenenfalls kombiniert mit Massenspektroskopie-Identifizierung, und

Analysieren der Chaperon-Referenz-Karte, gegebenenfalls durch Vergleichen der CRM der Probe mit einer Standard-CRM.

36. Verfahren nach Anspruch 35, dadurch gekennzeichnet, dass die CRM mindestens 10, vorzugsweise mindestens 30, insbesondere mindestens 50 verschiedene Chaperone umfasst.

NACHGEREICHT neue Patentansprüche:

20. Verfahren nach Anspruch 19, dadurch gekennzeichnet, dass die CRM mindestens 10, vorzugsweise mindestens 30, insbesondere mindestens 50 verschiedene Chaperone umfasst.

NACHGEREICHT